Update Colvars to version 2018-04-29 98/4098/1
authorGiacomo Fiorin <giacomo.fiorin@gmail.com>
Wed, 2 May 2018 18:51:22 +0000 (14:51 -0400)
committerGiacomo Fiorin <giacomo.fiorin@gmail.com>
Wed, 2 May 2018 18:51:22 +0000 (14:51 -0400)
Fixes two small bugs identified by HanatoK

6d0c917 2018-04-29 Fix missing deallocation of output stream object (reported by HanatoK) [Giacomo Fiorin]
c92d369 2018-04-17 Do not test for atom group size [Jérôme Hénin]

Change-Id: Ice861520c4fc30896ae0c12a61b9cbaf5c70a004

colvars/src/colvarcomp_distances.cpp
colvars/src/colvarproxy.cpp
colvars/src/colvars_version.h
src/colvarproxy_namd.C
src/colvarproxy_namd_version.h

index 081ec4a..57b2a9a 100644 (file)
@@ -192,7 +192,7 @@ colvar::distance_z::distance_z(std::string const &conf)
   // this group is optional
   ref2 = parse_group(conf, "ref2", true);
 
-  if (ref2 && ref2->size()) {
+  if ( ref2 ) {
     cvm::log("Using axis joining the centers of mass of groups \"ref\" and \"ref2\"");
     fixed_axis = false;
     if (key_lookup(conf, "axis"))
@@ -306,7 +306,7 @@ void colvar::distance_z::apply_force(colvarvalue const &force)
   if (!ref1->noforce)
     ref1->apply_colvar_force(force.real_value);
 
-  if (ref2 && ref2->size() && !ref2->noforce)
+  if (ref2 && !ref2->noforce)
     ref2->apply_colvar_force(force.real_value);
 
   if (!main->noforce)
@@ -464,7 +464,7 @@ void colvar::distance_xy::apply_force(colvarvalue const &force)
   if (!ref1->noforce)
     ref1->apply_colvar_force(force.real_value);
 
-  if (ref2 && ref2->size() && !ref2->noforce)
+  if (ref2 && !ref2->noforce)
     ref2->apply_colvar_force(force.real_value);
 
   if (!main->noforce)
index 079c8a3..c2992c3 100644 (file)
@@ -727,6 +727,7 @@ int colvarproxy_io::close_output_stream(std::string const &output_name)
   for ( ; osi != output_files.end(); osi++, osni++) {
     if (*osni == output_name) {
       ((std::ofstream *) (*osi))->close();
+      delete *osi;
       output_files.erase(osi);
       output_stream_names.erase(osni);
       return COLVARS_OK;
index aafda54..68f5cd1 100644 (file)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #ifndef COLVARS_VERSION
-#define COLVARS_VERSION "2018-04-11"
+#define COLVARS_VERSION "2018-04-29"
 // This file is part of the Collective Variables module (Colvars).
 // The original version of Colvars and its updates are located at:
 // https://github.com/colvars/colvars
index 6b323b9..3cdc5e8 100644 (file)
@@ -958,6 +958,7 @@ int colvarproxy_namd::close_output_stream(std::string const &output_name)
       if (((ofstream_namd *) *osi)->is_open()) {
         ((ofstream_namd *) *osi)->close();
       }
+      delete *osi;
       output_files.erase(osi);
       output_stream_names.erase(osni);
       return COLVARS_OK;
index 70d6e04..0d45121 100644 (file)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #ifndef COLVARPROXY_VERSION
-#define COLVARPROXY_VERSION "2018-03-14"
+#define COLVARPROXY_VERSION "2018-04-29"
 // This file is part of the Collective Variables module (Colvars).
 // The original version of Colvars and its updates are located at:
 // https://github.com/colvars/colvars