Fix compilation error with gcc 4.4 (update Colvars to 2018-05-29) 38/4238/1
authorGiacomo Fiorin <giacomo.fiorin@gmail.com>
Thu, 31 May 2018 14:58:47 +0000 (10:58 -0400)
committerGiacomo Fiorin <giacomo.fiorin@gmail.com>
Thu, 31 May 2018 14:58:47 +0000 (10:58 -0400)
Change-Id: Ie97a495e06e0697071fd8c0beaf4d108425bbded

colvars/src/colvarcomp.h
colvars/src/colvarcomp_coordnums.cpp
colvars/src/colvars_version.h
ug/ug_colvars-cv.tex

index 1d4bfe7..23ecdee 100644 (file)
@@ -852,7 +852,7 @@ protected:
   int pairlist_freq;
 
   /// Pair list
-  bool *pairlist = NULL;
+  bool *pairlist;
 
 public:
 
@@ -919,7 +919,7 @@ protected:
   int ed;
   cvm::real tolerance;
   int pairlist_freq;
-  bool *pairlist = NULL;
+  bool *pairlist;
 
 public:
 
index bcdb53c..2e2b0c3 100644 (file)
@@ -81,7 +81,7 @@ cvm::real colvar::coordnum::switching_function(cvm::real const &r0,
 
 
 colvar::coordnum::coordnum(std::string const &conf)
-  : cvc(conf), b_anisotropic(false), group2_center(NULL)
+  : cvc(conf), b_anisotropic(false), group2_center(NULL), pairlist(NULL)
 
 {
   function_type = "coordnum";
@@ -169,7 +169,7 @@ colvar::coordnum::coordnum(std::string const &conf)
 
 
 colvar::coordnum::coordnum()
-  : b_anisotropic(false), group2_center(NULL)
+  : b_anisotropic(false), group2_center(NULL), pairlist(NULL)
 {
   function_type = "coordnum";
   x.type(colvarvalue::type_scalar);
@@ -332,7 +332,7 @@ simple_scalar_dist_functions(coordnum)
 // h_bond member functions
 
 colvar::h_bond::h_bond(std::string const &conf)
-  : cvc(conf)
+: cvc(conf)
 {
   if (cvm::debug())
     cvm::log("Initializing h_bond object.\n");
@@ -436,7 +436,7 @@ simple_scalar_dist_functions(h_bond)
 
 
 colvar::selfcoordnum::selfcoordnum(std::string const &conf)
-  : cvc(conf)
+  : cvc(conf), pairlist(NULL)
 {
   function_type = "selfcoordnum";
   x.type(colvarvalue::type_scalar);
@@ -476,6 +476,7 @@ colvar::selfcoordnum::selfcoordnum(std::string const &conf)
 
 
 colvar::selfcoordnum::selfcoordnum()
+  : pairlist(NULL)
 {
   function_type = "selfcoordnum";
   x.type(colvarvalue::type_scalar);
@@ -602,7 +603,7 @@ colvar::groupcoordnum::groupcoordnum(std::string const &conf)
 
     if (b_scale) {
       cvm::error("Error: cannot specify \"scale\" and "
-                       "\"scale3\" at the same time.\n");
+                 "\"scale3\" at the same time.\n");
       return;
     }
     b_anisotropic = true;
index 731eb50..817bb2a 100644 (file)
@@ -1,5 +1,5 @@
 #ifndef COLVARS_VERSION
-#define COLVARS_VERSION "2018-05-15"
+#define COLVARS_VERSION "2018-05-29"
 // This file is part of the Collective Variables module (Colvars).
 // The original version of Colvars and its updates are located at:
 // https://github.com/colvars/colvars
index 81b8aa2..82b9223 100644 (file)
@@ -16,6 +16,33 @@ All subcommands of \texttt{cv} are documented below.
 \renewcommand{\cvparagraph}[2]{\cvsubsubsec{#1}{#2}}
 }
 
+\cvvmdonly{
+\cvparagraph{Example use of the \texttt{cv} command: analyze a trajectory}{sec:cv_command_example}
+
+By far the most typical use of Colvars in VMD is computing the values of one or more variables along an existing trajectory:
+\bigskip
+{\noindent\ttfamily\\
+\-{\bfseries\# Activate the module on the current VMD molecule}\\
+\-cv molid top\\
+\-{\bfseries\# Load a Colvars config file}\\
+\-cv configfile test.in\\
+\-set out [open "test.colvars.traj" "w"]\\
+\-{\bfseries\# Write the labels to the file}\\
+\-puts -nonewline \$\{out\} [cv printframelabels]\\
+\-for \{ set fr 0 \} \{ \$\{fr\} < [molinfo top get numframes] \} \{ incr fr \} \{\\
+\-~~{\bfseries\# Point Colvars to this trajectory frame}\\
+\-~~cv frame \$\{fr\}\\
+\-~~{\bfseries\# Recompute variables and biases}\\
+\-~~cv update\\
+\-~~{\bfseries\# Print variables and biases to the file}\\
+\-~~puts -nonewline \$\{out\} [cv printframe]\\
+\-\}\\
+\-close \$\{out\}\\
+}
+
+The following sections explain the syntax of the various sub-commands of \texttt{cv}.
+}
+
 \cvparagraph{Managing the Colvars module}{sec:cv_command_general}
 
 \begin{itemize}