Manually remove VMD section of Colvars chapter to appease LaTeX2HTML 41/4641/1
authorGiacomo Fiorin <giacomo.fiorin@gmail.com>
Tue, 2 Oct 2018 19:49:39 +0000 (15:49 -0400)
committerGiacomo Fiorin <giacomo.fiorin@gmail.com>
Tue, 2 Oct 2018 20:04:56 +0000 (16:04 -0400)
After many hours of trials, _I_ _give_ _up_.  All flavors of LaTeX tried
(traditional PostScript, PDF via pdflatex, and HTML via TeX4ht) produce
correct output for that section.  Unfortunately, LaTeX2HTML fails without any
clear remediation via any of the most common conditional compilation
strategies (\newcommand, \ifx, \ifdefined, ...).

This commit manually removes a section that belongs to the VMD doc, but it
also prevents future automatic integration of the Colvars doc (the section
should not be reintroduced).

Change-Id: Ifff928cec01151f3472e6cc70f9b1cda793577b7

ug/ug_colvars.tex

index 44fa045..9e0f0fc 100644 (file)
@@ -114,20 +114,7 @@ To the ``\emph{dist}'' variable, we apply a \texttt{harmonic} potential of force
 Here, we document the syntax of the commands and parameters used to set up and use the Colvars module in \MDENGINE{}.
 One of these parameters is the configuration file or the configuration text for the module itself, whose syntax is described in \ref{sec:colvars_config} and in the following sections.
 
-\cvvmdonly{
-\cvsubsec{Using the \texttt{cv} command}{sec:cv_command}
-\cvvmdugonly{\index{Colvars!\texttt{cv} command}}
-
-The Colvars module is accessed in VMD through the command \texttt{cv}.
-The command must be used the first time as \texttt{cv molid }\emph{$<$molid$>$} to set up the Colvars module for a given molecule.
-In all following uses, the \texttt{cv} command will continue operating on the same molecule, regardless of its ``top'' status.
-To use the \texttt{cv} command on a different molecule, use \texttt{cv delete} first and then \texttt{cv molid }\emph{$<$molid$>$}.
-Invoking the \texttt{cv} command with no arguments prints a help screen.
-
-\cvvmdugonly{\input{ug_colvars-cv.tex}}
-\cvrefmanonly{\input{colvars-cv.tex}}
-
-}
+% Removed VMD section by hand to make latex2html work correctly
 
 \cvnamdonly{
 \cvsubsec{NAMD parameters}{sec:colvars_mdengine_params}