Fix Colvars user guide documentation 81/4581/1
authorDavid Hardy <dhardy@ks.uiuc.edu>
Mon, 17 Sep 2018 22:57:42 +0000 (17:57 -0500)
committerDavid Hardy <dhardy@ks.uiuc.edu>
Mon, 17 Sep 2018 23:02:12 +0000 (18:02 -0500)
Modified Colvars section macros in order to resolve Latex references.
Also fixed typos in two references.

Change-Id: Ic67565f5a7e9cb75b6d29f1c8401f43e5700d8b6

ug/ug_colvars.tex
ug/ug_colvars_macros.tex

index e84a568..ee77b96 100644 (file)
@@ -2702,7 +2702,7 @@ while \texttt{wrapAround} is optional.
 
 The following keywords can be used within periodic components, and within
 custom \cvscriptonly{or scripted} colvars (\ref{sec:colvar_custom_function}
 
 The following keywords can be used within periodic components, and within
 custom \cvscriptonly{or scripted} colvars (\ref{sec:colvar_custom_function}
-\cvscriptonly{, \ref{sec::colvar_scripted}}).
+\cvscriptonly{, \ref{sec:colvar_scripted}}).
 
 \begin{itemize}
 \item %
 
 \begin{itemize}
 \item %
@@ -3308,7 +3308,7 @@ The following specific parameters can be set in the ABF configuration block:
 
 \cvnamdonly{
 \cvsubsubsec{Multiple-replica ABF}{sec:colvarbias_abf_shared}
 
 \cvnamdonly{
 \cvsubsubsec{Multiple-replica ABF}{sec:colvarbias_abf_shared}
-\label{mw-ABF}
+\label{sec:mw-ABF}
 
 \begin{itemize}
 \item \keydef{shared}{\texttt{abf}}{%
 
 \begin{itemize}
 \item \keydef{shared}{\texttt{abf}}{%
index a37f86b..83abfc4 100644 (file)
@@ -33,9 +33,9 @@
   {\bf \large \tt #1:} analogous to \texttt{#3}%
 }
 
   {\bf \large \tt #1:} analogous to \texttt{#3}%
 }
 
-\newcommand{\cvsec}[2]{\subsection{#1}}
-\newcommand{\cvsubsec}[2]{\subsubsection{#1}}
-\newcommand{\cvsubsubsec}[2]{\paragraph*{#1}}
+\newcommand{\cvsec}[2]{\subsection{#1}\label{#2}}
+\newcommand{\cvsubsec}[2]{\subsubsection{#1}\label{#2}}
+\newcommand{\cvsubsubsec}[2]{\paragraph*{#1}\label{#2}}
 
 \newcommand{\outputName}{\emph{outputName}}
 \newcommand{\restartName}{\emph{restartName}}
 
 \newcommand{\outputName}{\emph{outputName}}
 \newcommand{\restartName}{\emph{restartName}}