Updates for 2.13 beta 1 release 46/4546/2
authorDavid Hardy <dhardy@ks.uiuc.edu>
Thu, 6 Sep 2018 20:32:37 +0000 (15:32 -0500)
committerDavid <dhardy@ks.uiuc.edu>
Fri, 7 Sep 2018 19:13:09 +0000 (14:13 -0500)
Updated version string, notes, and announcement files.

Change-Id: I2529bb34098444be911117a702c1586f15c32cb9

Makefile
announce.txt
notes.txt

index fda4e21..13554fb 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -1,5 +1,5 @@
 # pass version/platform information to compile
-NAMD_VERSION = 2.12
+NAMD_VERSION = 2.13b1
 
 # compiler flags (Win32 overrides)
 COPTI = -I
index fb5a286..7086214 100644 (file)
@@ -1,10 +1,10 @@
 +--------------------------------------------------------------------+
 |                                                                    |
-|                   NAMD 2.12 Release Announcement                   |
+|                  NAMD 2.13b1 Release Announcement                  |
 |                                                                    |
 +--------------------------------------------------------------------+
 
-                                                     December 22, 2016
+                                                     September 7, 2018
 
 The Theoretical and Computational Biophysics Group at the University of
 Illinois is proud to announce the public release of a new version of
@@ -13,52 +13,44 @@ high-performance simulation of large biomolecular systems.  NAMD is
 distributed free of charge and includes source code.  NAMD development
 is supported by the NIH National Institute of General Medical Sciences.
 
-NAMD 2.12 has many advantages over NAMD 2.11, among these are:
+NAMD 2.13b1 has many advantages over NAMD 2.12, including:
 
-- GPU-accelerated simulations up to three times as fast as NAMD 2.11
+- GPU-accelerated simulations less limited by CPU performance
 
-- Improved vectorization and new kernels for Xeon Phi Knight's Landing
+- Improved GPU-accelerated performance for non-orthogonal cells
 
-- Improved scaling for large implicit solvent simulations
+- Updated CUDA compatibility to version 9.x
 
-- Improved scaling for multi-threaded "smp" builds
+- Replica exchange solute tempering, 2nd generation (REST2)
 
-- Communication thread sleeps in single-process-per-replica smp runs
+- Constant-pH MD
 
-- Divide GPUs among replicas on host with "+devicesperreplica n"
+- Improvements to hybrid QM/MM simulation
 
-- Shared-memory parallel calculation of collective variables
+- Stochastic velocity rescaling thermostat
 
-- Tcl scripting of collective variables thermodynamic integration
+- Gaussian accelerated MD (GaMD)
 
-- Constraints on probability distributions of collective variables
+- Improved lonepair support
 
-- Collective variables module improvements including to histogram bias
+- Interleaved double-wide sampling for FEP
 
-- Extended adaptive biasing force on-the-fly free energy estimator
+- Extend nonbondedScaling to LJ correction term
 
-- Dynamic lambda scaling for alchemical work calculations
+- Collective variables module improvements
 
-- Scaling of bonded terms in alchemical free energy calculations
+- IMDignoreForces option for QwikMD
 
-- Properly scaled alchemical Lennard-Jones long-range corrections
+- Various psfgen improvements
 
-- Multigrator pressure and temperature control method
+- Support for billion-atom systems
 
-- Retry after spurious EXDEV (Invalid cross-device link) output errors
+- Update to Charm++ 6.8.2
 
-- Ability to modify grid force scaling without restarting
+- Require CUDA 8.0 or greater, Kepler or newer GPUs
 
-- Ability to reload molecular structure without restarting
 
-- Optional Python scripting interface
-
-- QM/MM simulation via interfaces to ORCA and MOPAC
-
-- Update to Charm++ 6.7.1
-
-
-Details at http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.12/features.html
+Details at http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.13/features.html
 
 NAMD is available from http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
 
index 2f72d2a..1f9f67f 100644 (file)
--- a/notes.txt
+++ b/notes.txt
@@ -1,6 +1,6 @@
 +--------------------------------------------------------------------+
 |                                                                    |
-|                      NAMD 2.12 Release Notes                       |
+|                     NAMD 2.13b1 Release Notes                      |
 |                                                                    |
 +--------------------------------------------------------------------+
 
@@ -574,8 +574,8 @@ to set the path to TCL and FFTW libraries correctly.
 As an example, here is the build sequence for 64-bit Linux workstations:
 
 Unpack NAMD and matching Charm++ source code:
-  tar xzf NAMD_2.12_Source.tar.gz
-  cd NAMD_2.12_Source
+  tar xzf NAMD_2.13b1_Source.tar.gz
+  cd NAMD_2.13b1_Source
   tar xf charm-6.8.2.tar
 
 Build and test the Charm++/Converse library (single-node multicore version):
@@ -611,7 +611,7 @@ Build and test the Charm++/Converse library (MPI version):
   cd ../../../../..
 
 Download and install TCL and FFTW libraries:
-  (cd to NAMD_2.12_Source if you're not already there)
+  (cd to NAMD_2.13b1_Source if you're not already there)
   wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/libraries/fftw-linux-x86_64.tar.gz
   tar xzf fftw-linux-x86_64.tar.gz
   mv linux-x86_64 fftw
@@ -623,7 +623,7 @@ Download and install TCL and FFTW libraries:
   mv tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded tcl-threaded
 
 Optionally edit various configuration files:
-  (not needed if charm-6.8.2, fftw, and tcl are in NAMD_2.12_Source)
+  (not needed if charm-6.8.2, fftw, and tcl are in NAMD_2.13b1_Source)
   vi Make.charm  (set CHARMBASE to full path to charm)
   vi arch/Linux-x86_64.fftw     (fix library name and path to files)
   vi arch/Linux-x86_64.tcl      (fix library version and path to TCL files)