Update Colvars to version 2018-12-14 63/4863/2
authorGiacomo Fiorin <giacomo.fiorin@gmail.com>
Fri, 14 Dec 2018 20:22:02 +0000 (15:22 -0500)
committerDavid Hardy <dhardy@ks.uiuc.edu>
Fri, 14 Dec 2018 21:49:24 +0000 (15:49 -0600)
commitd4f6a456312cdc0f04e3e2d7b42187a1f9df7c12
tree49e3a5cdd9b3abf82997e1c1eaff24d4d3b344ff
parentc1886f341a77f4d026f147dbd2a7caa343caf4da
Update Colvars to version 2018-12-14

Bugfixes concerning corrFunc/runAve:
https://github.com/Colvars/colvars/pull/194

Fix for the dependency handling in orientationAngle, orientationProj, tilt,
abnd spinAngle (an error condition was raised when it shouldn't have):
https://github.com/Colvars/colvars/pull/199

The "cv save" command now triggers writes of output files from the ABF bias:
https://github.com/Colvars/colvars/pull/188

Relevant commit messages:
394145d 2018-12-14 Split off init() function for orientation derivatives [Giacomo Fiorin]
df94a7c 2018-12-12 Silence compiler warnings [Giacomo Fiorin]
026ef05 2018-11-16 Update version strings [Giacomo Fiorin]
4d8244f 2018-11-16 Make internal numbering of default colvar names consistent [Giacomo Fiorin]
331a205 2018-11-16 Add end_of_step() function to variables and biases [Giacomo Fiorin]
e71730c 2018-11-15 Fix declaration of local variable [Giacomo Fiorin]
07b9ff4 2018-11-15 Check that second variable is defined before accessing it [Giacomo Fiorin]
563f081 2018-11-15 Improve output format for runAve and corrFunc, cosmetic changes [Giacomo Fiorin]
475f493 2018-11-15 Use consistent return types for colvar-class analysis functions [Giacomo Fiorin]
acf8cc2 2018-11-15 Do not recompute finite-difference velocity; make it unavailable only during simulation [Giacomo Fiorin]
24b2db4 2018-11-15 Use properly name of second variable for correlation function [Giacomo Fiorin]
e5397e6 2018-11-15 Fix default file names for corrFunc and runAve output files in the doc [Giacomo Fiorin]
9fe9ff9 2018-11-15 Initialize corrFunc, runAve output files when cvm::output_prefix() is available [Giacomo Fiorin]
7e8bbaf 2018-10-30 Implement cv save in ABF [Jérôme Hénin]
d388035 2018-10-29 Add missing hyperlink [Giacomo Fiorin]

Change-Id: I22b3b0ac000bee69d4dc7fe3d41d657f426a3550
12 files changed:
colvars/src/colvar.cpp
colvars/src/colvar.h
colvars/src/colvarbias.cpp
colvars/src/colvarbias.h
colvars/src/colvarbias_abf.cpp
colvars/src/colvarbias_abf.h
colvars/src/colvardeps.cpp
colvars/src/colvarmodule.cpp
colvars/src/colvarmodule.h
colvars/src/colvars_version.h
colvars/src/colvarscript.cpp
ug/ug_colvars.tex