Update Colvars to version 2018-08-29 47/4547/1
authorGiacomo Fiorin <giacomo.fiorin@gmail.com>
Thu, 6 Sep 2018 22:44:07 +0000 (18:44 -0400)
committerGiacomo Fiorin <giacomo.fiorin@gmail.com>
Thu, 6 Sep 2018 22:44:07 +0000 (18:44 -0400)
commit90238506d9510b90dc04b0eea9307c2837d17a2e
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Update Colvars to version 2018-08-29

This update includes several minor fixes: relevant commits in
https://github.com/Colvars/colvars are listed below.

6539dd9 2018-08-28 Add cv resetindexgroups command [Giacomo Fiorin]
a9c786e 2018-08-28 Invoke new-style colvarscript commands when available [Giacomo Fiorin]
44a4b34 2018-08-28 Allow multiple instances of indexFile [Giacomo Fiorin]
6f630a4 2018-08-28 Store the module's config string with comments, add command to access it [Giacomo Fiorin]
8272aab 2018-08-17 Raise error when the same keyword is being used repeatedly [Giacomo Fiorin]
10b2840 2018-07-30 More explicit documentation for periodic custom cv [Jérôme Hénin]
788cb54 2018-07-25 Check for matching braces before beginning to parse [Giacomo Fiorin]
ac2ff20 2018-07-24 Initialize correctly OpenMP lock state data structure [Giacomo Fiorin]
acdf322 2018-07-20 NAMD/VMD: accept PDB flags in load_coords [Jérôme Hénin]
f3f7033 2018-07-20 Doc: warn about fittingGroup in PBC [Jérôme Hénin]
61b5f6f 2018-07-07 Forbid atoms with zero mass [Jérôme Hénin]
127375e 2018-06-21 Revert ext lagrangian timestep if necessary [Jérôme Hénin]
fb67424 2018-06-06 Implement modifycvcs subcommand [Giacomo Fiorin]
8a4d86c 2018-06-06 Disable echoing of errno message until sorting out what changes errno [Giacomo Fiorin]
bc09f23 2018-06-05 Prevent renaming CVCs after initialization [Giacomo Fiorin]
33794f3 2018-06-05 Fix handling of previous/current step total forces with SMP [Giacomo Fiorin]

Change-Id: I6d73d3695e9c3f069871f6f39fa06ca6a6e34de4
20 files changed:
colvars/src/colvar.cpp
colvars/src/colvar.h
colvars/src/colvaratoms.cpp
colvars/src/colvarcomp.cpp
colvars/src/colvarcomp.h
colvars/src/colvarcomp_distances.cpp
colvars/src/colvarmodule.cpp
colvars/src/colvarmodule.h
colvars/src/colvarparse.cpp
colvars/src/colvarparse.h
colvars/src/colvarproxy.cpp
colvars/src/colvarproxy.h
colvars/src/colvars_version.h
colvars/src/colvarscript.cpp
colvars/src/colvarscript.h
src/colvarproxy_namd.C
src/colvarproxy_namd.h
src/colvarproxy_namd_version.h
ug/ug_colvars-cv.tex
ug/ug_colvars.tex