Improvements to random number routines used in constant-pH MD 37/4337/1
authorradakb <brian.radak@gmail.com>
Tue, 10 Jul 2018 01:32:09 +0000 (21:32 -0400)
committerradakb <brian.radak@gmail.com>
Tue, 10 Jul 2018 01:32:09 +0000 (21:32 -0400)
commit2acba6180510dbca911dd9f2a8d5e35765aa2843
tree7fce913893310e3720ca7f91968cf8f9f36229d7
parentda68ba8d65f7ca20c2994a4c4708d47e91035c21
Improvements to random number routines used in constant-pH MD

- Some users reported a bug when sampling from a PMF with a
  dominant mode. Underflow during subtraction meant that no
  choice was made. A catch has been added that finds and returns
  the modal value in this case.

- The normal() code has been changed to use the iterative
  Box-Muller-like transformation that is implemented in Random.h
  The new code also stores the second normal variable and returns
  it later rather than just discarding it.

Change-Id: I7d66b93b7135665db91208412d482b5a47ed268d
lib/namdcph/namdcph/numtcl.tcl