Constant-pH MD: Revisions and new functionality 94/3794/3
authorradakb <brian.radak@gmail.com>
Thu, 1 Mar 2018 21:56:16 +0000 (16:56 -0500)
committerJim Phillips <jim@ks.uiuc.edu>
Fri, 2 Mar 2018 18:26:35 +0000 (12:26 -0600)
commitafccf236192c0e82d35f7d585d55ffe5c13ed4cd
tree49b0da301be955900dc8104f7e96c58e9266829f
parentb9a0087fb4d58c0f3edef1d2fe82508a3d90dedc
Constant-pH MD: Revisions and new functionality

Minor changes:
 - Clean up of documentation
 - Variable name segresid changed to segresidname throughout (see below)
 - Complete re-hab or residue testing facility. The old system was based
   on the old, directional pattern of patch definition. This is no
   longer necessary and way more robust. Testing that the correct
   patches are defined is still very easy, but a new convenience
   function is added for testing the correctness of the patches is also
   added. Scripting a test with this is very involved...
 - Simplification and performance enhancements for the experimental
   cphAnalyzeForce command.
 - Using minimization via cphNumMinSteps now results in reallocation of
   velocities when done. Either the temperature or thermostat
   temperature are used.
 - The generic namdtcl interface now includes a "::kBT" proc that
   returns the value of kT in the current thermostat.

Major changes:
 - A residue, in the topology sense, can now be divided into multiple
   titratable residues. Any titratable residue which does not have the
   same name as the topological residue is considered a "sub-residue"
   and requires special definition in the configuration file. Note that
   some residues may ONLY contain sub-residues, such as a C-terminal
   alanine or the phosphates in a lipid head group. In order to
   differentiate sub-residues from the regular residues, we expand the
   <segid>:<resid> selection to <segid>:<resid>:<resname>, where
   <resname> may be a sub-residue name. This new label (the
   "segresidname") is the only guaranteed unique selector for a
   titratable residue.
   IMPORTANT! Even if a residue has no sub-residues, the new
   segresidname syntax MUST be used for any keyword that requires a
   residue selection. THIS BREAKS OLD NAMD CONFIGURATION FILES THAT
   SELECT RESIDUES!
 - The initial "run 0" command to kick-start the simulation has been
   replaced by the "startup" command and thus eliminates the spurious
   ENERGY: entry when a simulation begins. As a consequence, the old
   neMD/MC cycle sequence of MC/MD has now been flipped to MD/MC. This
   should not cause any change to statistics, but output will look
   slightly different.

Change-Id: Iad97be3aa5cfd1ee58228703f1c92b78987886b0
lib/namdcph/namdcph.tcl
lib/namdcph/namdcph/cphtitrator.tcl
lib/namdcph/namdcph/cphtoppar.tcl
lib/namdcph/namdcph/namdcph.core.tcl
lib/namdcph/namdcph/namdtcl.tcl