Fix HMR bug in constant-pH MD 63/4363/1
authorradakb <brian.radak@gmail.com>
Tue, 17 Jul 2018 14:59:01 +0000 (10:59 -0400)
committerradakb <brian.radak@gmail.com>
Tue, 17 Jul 2018 14:59:01 +0000 (10:59 -0400)
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Fix HMR bug in constant-pH MD

This patch makes sure that constant-pH MD does not undo mass
repartitioning within titratable residues.

Also, a warning is now issued whenever a proton is automagically
inserted during setup. This is because it is impossible to
on-the-fly repartition mass on those protons and thus the insertions
will not match any pre-existing HMR.

Unfortunately, this means that HMR constant-pH MD will be an
advanced feature for now, since one cannot rely on the auto-setup
within constant pH.

Change-Id: I0243f2e9a781b923a9b5bd83b68b867a0a6fe701
lib/namdcph/namdcph/cphtoppar.tcl