index ffff828..f808367 100644 (file)
@@ -598,6 +598,7 @@ The following components implement functions with a scalar value (i.e.{} a real
\item \refkey{angle}{colvar|angle}: angle between three groups;
\item \refkey{dihedral}{colvar|dihedral}: torsional (dihedral) angle between four groups;
\item \refkey{dipoleAngle}{colvar|dipoleAngle}: angle between two groups and dipole of a third group;
+\item \refkey{dipoleMagnitude}: magnitude of the dipole of a group of atoms;
\item \refkey{polarTheta}{colvar|polarTheta}: polar angle of a group in spherical coordinates;
\item \refkey{polarPhi}{colvar|polarPhi}: azimuthal angle of a group in spherical coordinates;
\item \refkey{coordNum}{colvar|coordNum}: coordination number between two groups;
@@ -1541,6 +1542,22 @@ define the atom group, and returns a positive number, expressed in
\end{cvcoptions}

+\cvsubsubsec{\texttt{dipoleMagnitude}: dipole magnitude of a group of atoms.}{sec:cvc_dipoleMagnitude}
+The \texttt{dipoleMagnitude~\{...\}} block defines the dipole magnitude of a group of atoms (norm of the dipole moment's vector), being \texttt{atoms} the group where dipole magnitude is calculated.
+It returns the magnitude in elementary charge $e$ times \cvnamdonly{\AA}\cvvmdonly{\AA}\cvlammpsonly{(length unit)}.
+
+\begin{cvcoptions}
+\item %
+  \dupkey{atoms}{\texttt{dipoleMagnitude}}{colvar|rmsd|atoms}{\texttt{rmsd} component}
+\end{cvcoptions}
+
+
+\cvsubsubsec{\texttt{cartesian}: vector of atomic Cartesian coordinates.}{sec:cvc_cartesian}
+The \texttt{cartesian~\{...\}} block defines a component returning a flat vector containing
+the Cartesian coordinates of all participating atoms, in the order
+$(x_1, y_1, z_1, \cdots, x_n, y_n, z_n)$.
+
+
\cvsubsubsec{\texttt{inertiaZ}: total moment of inertia of a group of atoms around a chosen axis.}{sec:cvc_inertiaZ}
\labelkey{colvar|inertiaZ}

@@ -1559,6 +1576,7 @@ This component must contain one \texttt{atoms~\{...\}} block to
define the atom group, and returns a positive number, expressed in
\AA{}$^{2}$.

+
\begin{cvcoptions}
\item %
\dupkey{atoms}{\texttt{inertiaZ}}{colvar|rmsd|atoms}{\texttt{rmsd} component}