Update Colvars to version 2018-12-14
[namd.git] / colvars / src / colvarmodule.cpp
index 87b08b1..d88a97a 100644 (file)
@@ -62,8 +62,6 @@ colvarmodule::colvarmodule(colvarproxy *proxy_in)
   use_scripted_forces = false;
   scripting_after_biases = false;
 
-  b_analysis = false;
-
   colvarmodule::debug_gradients_step_size = 1.0e-07;
 
   colvarmodule::rotation::monitor_crossings = false;
@@ -274,7 +272,12 @@ int colvarmodule::parse_global_params(std::string const &conf)
     }
   }
 
-  parse->get_keyval(conf, "analysis", b_analysis, b_analysis);
+  bool b_analysis = true;
+  if (parse->get_keyval(conf, "analysis", b_analysis, true,
+                        colvarparse::parse_silent)) {
+    cvm::log("Warning: keyword \"analysis\" is deprecated: it is now set "
+             "to true; individual analyses are performed only if requested.");
+  }
 
   parse->get_keyval(conf, "debugGradientsStepSize", debug_gradients_step_size,
                     debug_gradients_step_size,
@@ -715,9 +718,7 @@ int colvarmodule::calc()
   error_code |= calc_biases();
   error_code |= update_colvar_forces();
 
-  if (cvm::b_analysis) {
-    error_code |= analyze();
-  }
+  error_code |= analyze();
 
   // write trajectory files, if needed
   if (cv_traj_freq && cv_traj_name.size()) {
@@ -736,6 +737,8 @@ int colvarmodule::calc()
     write_output_files();
   }
 
+  error_code |= end_of_step();
+
   return error_code;
 }
 
@@ -1056,6 +1059,33 @@ int colvarmodule::analyze()
 }
 
 
+int colvarmodule::end_of_step()
+{
+  if (cvm::debug()) {
+    cvm::log("colvarmodule::end_of_step(), step = "+cvm::to_str(it)+".\n");
+  }
+
+  for (std::vector<colvar *>::iterator cvi = variables_active()->begin();
+       cvi != variables_active()->end();
+       cvi++) {
+    cvm::increase_depth();
+    (*cvi)->end_of_step();
+    cvm::decrease_depth();
+  }
+
+  // perform bias-specific analysis
+  for (std::vector<colvarbias *>::iterator bi = biases.begin();
+       bi != biases.end();
+       bi++) {
+    cvm::increase_depth();
+    (*bi)->end_of_step();
+    cvm::decrease_depth();
+  }
+
+  return (cvm::get_error() ? COLVARS_ERROR : COLVARS_OK);
+}
+
+
 int colvarmodule::setup()
 {
   if (this->size() == 0) return cvm::get_error();
@@ -1895,7 +1925,6 @@ long      colvarmodule::it = 0;
 long      colvarmodule::it_restart = 0;
 size_t    colvarmodule::restart_out_freq = 0;
 size_t    colvarmodule::cv_traj_freq = 0;
-bool      colvarmodule::b_analysis = false;
 bool      colvarmodule::use_scripted_forces = false;
 bool      colvarmodule::scripting_after_biases = true;