QM/MM documentation in user guide
[namd.git] / ug / ug.bib
1 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
2 %                                                                          %
3 %              (C) Copyright 1995 The Board of Trustees of the             %
4 %                          University of Illinois                          %
5 %                           All Rights Reserved                            %
6 %                                                                          %
7 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
8
9 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
10 % RCS INFORMATION:
11 %
12 %       $RCSfile: ug.bib,v $
13 %       $Author: jim $        $Locker:  $                $State: Exp $
14 %       $Revision: 1.28 $      $Date: 2017/02/06 18:54:16 $
15 %
16 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
17 % DESCRIPTION:
18 %       Local bibliography entries for the NAMD User's Guide
19 %
20 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
21 % REVISION HISTORY:
22 %
23 % $Log: ug.bib,v $
24 % Revision 1.28  2017/02/06 18:54:16  jim
25 % Fix "page" to "pages".
26 %
27 % Revision 1.27  2017/02/06 18:51:34  jim
28 % Add volume and page to GaMD reference.
29 %
30 % Revision 1.26  2017/02/03 21:39:29  jim
31 % Gaussian accelerated MD (GaMD) implementation by Andrew Pang and Yi Wang.
32 %
33 % Revision 1.25  2016/09/19 22:51:20  jim
34 % Fix error.
35 %
36 % Revision 1.24  2015/03/03 18:37:36  dhardy
37 % Added recommendations and reference for MSM
38 %
39 % Revision 1.23  2014/05/21 00:35:48  jlai7
40 % Updated structure based sections and added references to SMOG code
41 %
42 % Revision 1.22  2013/06/11 20:22:52  jim
43 % From Jérôme Hénin, add back ref Shirts2007 that got deleted.
44 %
45 % Revision 1.21  2013/06/10 16:03:08  jim
46 % Move colvars references to separate .bib file.
47 %
48 % Revision 1.20  2012/04/18 22:20:47  jim
49 % Updated colvars references from Giacomo Fiorin.
50 %
51 % Revision 1.19  2012/02/23 19:26:01  dtanner
52 % adding documentation for LCPO
53 %
54 % Revision 1.18  2011/09/28 22:17:37  dhardy
55 % added Drude model to user guide, with references in bib file
56 %
57 % Revision 1.17  2011/05/12 19:49:04  jim
58 % Add missing journal names.
59 %
60 % Revision 1.16  2011/03/15 07:53:00  yiwang
61 % added aMD related references - yi
62 %
63 % Revision 1.15  2011/03/08 17:51:58  jim
64 % Add MARTINI forcefield references.
65 %
66 % Revision 1.14  2011/02/03 16:41:27  dtanner
67 % adding users guide chapter for implicit solvent as well as shortening superfluous gbis communication by sending messages of size zero instead of messages of size nAtoms
68 %
69 % Revision 1.13  2010/09/12 21:49:32  jim
70 % update from Jerome Henin
71 %
72 % Revision 1.12  2010/02/25 18:11:21  dbwells2
73 % *** empty log message ***
74 %
75 % Revision 1.11  2009/10/27 22:56:45  dhardy
76 % fixed the documentation for longSplitting and the new 'c2' option
77 %
78 % Revision 1.10  2009/06/14 01:28:16  petefred
79 % Add documentation for LJ tail corrections
80 %
81 % Revision 1.9  2009/03/23 21:06:57  char
82 % updated refs for alchemical section
83 %
84 % Revision 1.8  2008/11/14 01:29:19  char
85 % *** empty log message ***
86 %
87 % Revision 1.6  2006/09/17 21:33:00  jim
88 % update chipot ref
89 %
90 % Revision 1.5  2005/07/21 16:23:32  jim
91 % Add adaptive biasing force method from Chipot.
92 %
93 % Revision 1.4  2003/09/18 22:35:08  jim
94 % Patches from Chris Chipot and Jerome Henin.
95 %
96 % Revision 1.3  2002/03/08 23:07:45  jim
97 % Added refs from proposal to LES docs.
98 %
99 % Revision 1.2  2002/02/20 22:26:03  jim
100 % Added alchemical free energy docs "as is", fixed only to build.
101 %
102 % Revision 1.1  1998/01/05 21:12:29  dhardy
103 % user guide, first draft
104 %
105 % Revision 1.3  1997/08/07 16:09:43  dhardy
106 % changed CHARMm to CHARMM
107 %
108 % Revision 1.2  1996/05/20 16:39:37  brunner
109 % Now includes bib entries and abbreviations for all references
110 % in ug.tex
111 %
112 % Revision 1.1  1995/06/19 16:12:36  nelson
113 % Initial revision
114 %
115 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
116
117 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
118 % NOTES:        1) see top of group.bib for journal abbreviations.
119 %               2) article keyword should be of the form AAAANN, where
120 %                  AAAA = first four characters of first author, in all-caps
121 %                  NN = last two digits of year published, i.e. 94
122 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
123 %
124 % New note: I am moving all bib entries here, so we don't need to read
125 % other bibs.  This reduces duplicate definitions.  But we then need
126 % to put all abbreviations here as well.
127 % RKB 5-20-96
128 %
129
130 @string{JMB = "J.\ Mol.\ Biol."}
131 @string{JCC = "J.\ Comp.\ Chem."}
132 @string{JCP = "J.\ Chem.\ Phys."}
133 @string{JACS = "J.\ Am. Chem.\ Soc."}
134 @string{ANM = "Ann.\ Numer.\ Math."}
135 @string{JPC = "J.~Phys.\ Chem."}
136 @string{TCA = "Theor\ Chem\ Acc"}
137 @string{PRO = "Proteins:\ Struct.,\ Func.,\ Gen."}
138 @string{JPCA = "J.~Phys.\ Chem.~A"}
139 @string{JPCB = "J.~Phys.\ Chem.~B"}
140 @string{JPCL = "J.~Phys.\ Chem.\ Lett."}
141 @string{JCTC = "J.~Chem.\ Theory\ Comput."}
142 @string{CPL = "Chem.\ Phys.\ Lett."}
143 @string{CP = "Chem.\ Phys."}
144
145 @string{ACIEE = "Angew.\ Chem.\ Int.\ Ed.\ Engl."}
146 @string{NATMET = "Nat.\ Methods"}
147 @string{SR = "Sci.\ Rep."}
148 @string{JCAMD = "J.~Comp.-Aided\ Mol.\ Design"}
149 @string{WIRCMS = "Wiley Interdiscip.\ Rev.:\ Comput.\ Mol.\ Sci."}
150
151 @inproceedings{CRUZ93,
152   author={Carolina Cruz-Neira and Dan J. Sandin and Thomas A. DeFanti},
153   title={Unknown},
154   year=1993,
155   pages={135},
156   booktitle={Proceedings of SIGGRAPH '93},
157   address={Anaheim, CA},
158   publisher={Association for Computing Machinery}
159 }
160
161
162 @inproceedings{lin:atm,
163   author={Mengjou Lin and Jenwei Hsieh and David H. C. Du and Joseph P. Thomas and James A. MacDonald},
164   title={Distributed Network Computing Over Local {ATM} Networks},
165   year=1994,
166   pages={154-163},
167   booktitle={Proceedings of Supercomputing '94},
168   address={Washington, DC},
169   publisher={IEEE Computer Society Press}
170 }
171
172 @manual{sun:xdr,
173   organization={Sun Microsystems},
174   title={X{D}{R}: External Data Representation Standard. {RFC}-1014},
175   year=1987
176 }
177
178 @techreport{duke:fma,
179   author={J. Board and Z. Hakura and W. Elliot and W. Rankin},
180   title={Scalable Variants of Multipole-Accelerated Algorithms for Molecular Dynamics Applications}, 
181   institution={Duke University, Dept. of Elec. Engr.},
182   type={Technical Report},
183   number={TR94-006},
184   year={1994}
185 }
186
187 @article{ZhSc93,
188   Author="G. Zhang and T. Schlick",
189   Title="{LIN}: A New Algorithm to Simulate the Dynamics of Biomolecules by Combining Implicit-Integration and Normal Mode Techniques",
190   Journal=JCC,
191   volume=14,
192   pages={1212--1233},
193   year=1993
194 }
195
196 @techreport{ornl:pvm,
197   author={A. Geist and A. Beguelin and J. Dongarra and W. Jiang and R. Manchek and V. Sunderam},
198   title={{PVM}~3 Users Guide and Reference Manual},
199   institution={Oak Ridge National Laboratory},
200   type={Technical Manual},
201   number={ORNL/TM-12187},
202   month={May},
203   year={1994}
204 }
205
206 @article{penn:npt,
207   Author={G. Martyna and D. Tobias and M. Klein},
208   Title={Constant pressure molecular dynamics algorithms},
209   Journal=JCP,
210   volume=101,
211   pages={4177--4189},
212   year=1994
213 }
214
215 @article{BERN77,
216   author={F. C. Bernstein and T. F. Koetzle and G. J. B. Williams and E. F. Meyer, Jr. and M. D. Brice and J. R. Rodgers and O. Kennard and T. Shimanouchi and M. Tasumi},
217   title={The Protein Data Bank: A Computer-Based Archival File For Macromolecular Structures},
218   journal=JMB,
219   volume=112,
220   pages={535--542},
221   year=1977
222 }
223
224 @manual{XMOL93,
225   key={MSCI},
226   title={XMol, Version 1.3.1},
227   organization={Minnesota Supercomputer Center, Inc.},
228   address={Minneapolis, MN},
229   year=1993
230 }
231
232 @article{CARS91,
233   author={M. Carson},
234   title={{RIBBONS} 2.0},
235   journal=JAC,
236   volume=24,
237   pages={958--961},
238   year=1991
239 }
240
241 @article{WEIN81,
242   author={P. K. Weiner and P. A. Kollman},
243   title={{AMBER}: Assisted Model Building With Energy Refinement.  A General Program for Modeling Molecules and Their Interactions},
244   journal=JCC,
245   volume=2,
246   pages=287,
247   year=1981
248 }
249
250 @incollection{CARS85,
251   author={M. Carson and J. Hermans},
252   title={The Molecular Dynamics Workshop Laboratory},
253   booktitle={Molecular Dynamics and Protein Structure},
254   editor={J. Hermans},
255   publisher={University of North Carolina},
256   address={Chapel Hill},
257   pages={165--166},
258   year=1985
259 }
260
261 @inproceedings{crpc:space,
262   Author={T. Clark and R. Hanxleden and J. McCammon and L. Scott},
263   Title={Parallelizing Molecular Dynamics using Spatial Decomposition},
264   month=May,
265   year=1994,
266   booktitle={Proceedings of the Scalable High Performance Computing Conference},
267   address={Knoxville, TN},
268 }
269
270 @techreport{sandia:decomp,
271   author={S. Plimpton and B. Hendrickson},
272   title={A New Parallel Method for Molecular Dynamics Simulation of Macromolecular Systems},
273   institution={Sandia National Laboratories},
274   type={Technical Report},
275   number={SAND94-1862},
276   month={August},
277   year={1994}
278 }
279
280 @article{bb:decomp,
281   author={B. R. Brooks and M. Hodoscek},
282   title={Parallelization of CHARMM for MIMD Machines},
283   journal={Chemical Design Automation News},
284   volume=7,
285   number=12,
286   pages={16--22},
287   year=1992
288 }
289
290 @inproceedings{kale:mdl,
291   author={L. V. Kale and A. Gursoy},
292   title={Modularity, Reuse and Efficiency with Message-Driven Libraries},
293   booktitle={Proceedings of the $7^{th}$ SIAM Parallel Processing Conference}, 
294   month =Feb,
295   year  =1995,
296   address={San Fransisco, CA}
297 }
298
299 @inproceedings{kale:charm,
300   author={L. V. Kale and S. Krishnan},
301   title={CHARM++ :  A Portable Concurrent Object Oriented System Based on {C++}},
302   booktitle={Proceedings of OOPSLA-93},
303   month =Sep,
304   year  =1993,
305   address={Washington, DC}
306 }
307
308 @article{HANE94,
309   author={S. W. Haney},
310   title={Is {C++} Fast Enough For Scientific Computing?},
311   journal=CIP,
312   volume=8,
313   number=6,
314   pages={690--694},
315   year=1994
316 }
317
318 @article{BERG87,
319   author={M. J. Berger and S. H. Bokhari},
320   title={A Partitioning Strategy for Nonuniform Problems on Multiprocessors},
321   journal={IEEE Transactions on Computers},
322   volume={C-36},
323   number=5,
324   pages={570--580},
325   month=May,
326   year=1987
327 }
328
329 @incollection{WIND95,
330   author={A. Windemut},
331   title={Advanced Algorithms for Molecular Dynamics Simulation: The Program PMD},
332   booktitle={Parallel Computing in Computational Chemistry},
333   editor={T. Mattson},
334   publisher={ACS Books},
335   year={1995 - In Press}
336 }
337
338 @inproceedings{EICK92,
339   author={T. von Eicken and D. E. Culler and S. C. Goldstein and K. E. Schauser},
340   title={Active messages: a mechanism for integrated communication and computation},
341   year=1992,
342   booktitle={Proceedings of the International Symposium on Computer Architecture}
343 }
344
345 @techreport{HUMP94,
346   author={William Humphrey and Andrew Dalke},
347   title={{VMD} User Guide ({Version} 0.94)},
348   institution={University of Illinois},
349   type={Beckman Institute Technical Report},
350   number={TB-94-07},
351   tbreference={0},
352   tbtechrep={TB-94-07},
353   year=1994
354 }
355
356 @book{ALLE87,
357   author={M. P. Allen and D. J. Tildesley},
358   title={Computer Simulation of Liquids},
359   publisher={Oxford University Press},
360   address={New York},
361   year=1987
362 }
363
364 @book{MCCA87,
365    author={J. A. McCammon and S. C. Harvey},
366    title={Dynamics of Proteins and Nucleic Acids},
367    publisher={Cambridge University Press},
368    address={Cambridge},
369    year=1987
370 }
371
372 @manual{BRUN92b,
373   author={Axel T. Br\"unger},
374   title={X-PLOR, Version~3.1, A System for {X}-ray Crystallography and {NMR}},
375   organization={The Howard Hughes Medical Institute and Department of Molecular Biophysics and Biochemistry, Yale University},
376   year={1992}
377 }
378 @article{BROO83,
379   author={Bernard R. Brooks and Robert E. Bruccoleri and Barry D. Olafson and David J. States and S. Swaminathan and Martin Karplus},
380   title={{CHARMM:} A Program for  Macromolecular Energy, Minimization, and Dynamics Calculations},
381   journal=JCC,
382   year={1983},
383   volume={4},
384   number={2},
385   pages={187--217}
386 }
387  
388 @article{Shirts2007,
389   author = {Shirts, Michael R. and Mobley, David L. and Chodera, John D. and Pande, Vijay S.},
390   title = {Accurate and Efficient Corrections for Missing Dispersion Interactions in Molecular Simulations},
391   journal = JPCB,
392   volume = {111},
393   number = {45},
394   pages = {13052-13063},
395   year = {2007},
396   doi = {10.1021/jp0735987},
397   URL = {http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp0735987},
398   eprint = {http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/jp0735987}
399 }
400
401 % begin FEP entries from sdixit and chipot and harrison
402
403 @ARTICLE{Axelsen1998,
404   author = {Axelsen, P. H. and
405          Li, D.},
406   title = {Improved convergence in dual--topology free energy
407          calculations through use of harmonic restraints},
408   journal = {J. Comput. Chem. },
409   year = {1998},
410   volume = {19},
411   pages = {1278-1283}
412 }
413
414 @ARTICLE{Beveridge1989,
415   author = {Beveridge, D. L. and DiCapua, F. M. },
416   title = {Free energy via molecular simulation:
417          Applications to chemical and biomolecular systems},
418   journal = {Annu. Rev. Biophys. Biophys. },
419   year = {1989},
420   volume = {18},
421   pages = {431-492}
422 }
423
424 @ARTICLE{Boresch1999,
425   author = {Boresch, S. and Karplus, M. },
426   title = {The role of bonded terms in free energy simulations:
427          I. Theoretical analysis},
428   journal = {J. Phys. Chem. A},
429   year = {1999},
430   volume = {103},
431   pages = {103-118}
432 }
433
434 @ARTICLE{Chipot2002g,
435   author = {Chipot, C. and Pearlman, D. A.},
436   title = {Free energy calculations. The long and winding gilded road},
437   journal = {Mol. Sim.},
438   year = {2002},
439   volume = {28},
440   pages = {1-12}
441 }
442
443 @ARTICLE{Gao1989,
444   author = {Gao, J. and Kuczera, K. and Tidor, B. and Karplus, M. },
445   title = {Hidden thermodynamics of mutant proteins: A molecular
446          dynamics analysis},
447   journal = {Science},
448   year = {1989},
449   volume = {244},
450   pages = {1069-1072}
451 }
452
453 @ARTICLE{Gilson1997,
454   author = {Gilson, M. K. and
455          Given, J. A. and
456          Bush, B. L. and
457          McCammon, J. A.},
458   title = {The statistical--thermodynamic basis for computation of binding
459          affinities: A critical review},
460   journal = {Biophys. J.},
461   year = {1997},
462   volume = {72},
463   pages = {1047-1069}
464 }
465
466 @INCOLLECTION{VanGunsteren1989,
467   author = {van Gunsteren, W. F.},
468   title = {Methods for calculation of free energies and
469          binding constants: Successes and problems},
470   booktitle = {Computer simulation of biomolecular systems:
471          Theoretical and experimental applications},
472   publisher = {Escom},
473   year = {1989},
474   editor = {Van Gunsteren, W. F. and Weiner, P. K. },
475   pages = {27-59},
476   address = {The Netherlands}
477 }
478
479 @INCOLLECTION{King1993,
480   author = {King, P. M.},
481   title = {Free energy via molecular simulation: A primer},
482   booktitle = {Computer simulation of biomolecular systems:
483          Theoretical and experimental applications},
484   publisher = {ESCOM},
485   year = {1993},
486   editor = {Van Gunsteren, W. F. and Weiner, P. K. and Wilkinson, A. J.},
487   volume = {2},
488   pages = {267-314},
489   address = {Leiden}
490 }
491
492 @ARTICLE{Kirkwood1935,
493   author = {Kirkwood, J. G. },
494   title = {Statistical mechanics of fluid mixtures},
495   journal = {J. Chem. Phys. },
496   year = {1935},
497   volume = {3},
498   pages = {300-313}
499 }
500
501 @ARTICLE{Kollman1993,
502   author = {Kollman, P. A.},
503   title = {Free energy calculations: Applications to chemical and biochemical
504         phenomena},
505   journal = {Chem. Rev. },
506   year = {1993},
507   volume = {93},
508   pages = {2395-2417},
509 }
510
511 @ARTICLE{Lu2004,
512   author = {Lu, N. and Kofke, D. A. and Woolf, T. B.},
513   title = {Improving the efficiency and reliability of free energy
514          perturbation calculations using overlap sampling methods},
515   journal = {J. Comput. Chem.},
516   year = {2004},
517   volume = {25},
518   pages = {28-39}
519 }
520
521 @INCOLLECTION{Mark1998,
522   author = {Mark, A. E.},
523   title = {Free Energy Perturbation Calculations},
524   booktitle = {Encyclopedia of computational chemistry},
525   publisher = {Wiley and Sons},
526   year = {1998},
527   editor = {Schleyer, P. v. R. and Allinger, N. L. and Clark, T. and Gasteiger,
528         J. and Kollman, P. A. and Schaefer III, H. F. and Schreiner, P.
529         R.},
530   volume = {2},
531   pages = {1070-1083},
532   address = {Chichester}
533 }
534
535 @ARTICLE{Pearlman1994a,
536   author = {Pearlman, D. A.},
537   title = {A comparison of alternative approaches to free energy calculations},
538   journal = {J. Phys. Chem.},
539   year = {1994},
540   volume = {98},
541   pages = {1487-1493},
542 }
543
544 @ARTICLE{Straatsma1992,
545   author = {Straatsma, T. P. and McCammon, J. A. },
546   title = {Computational alchemy},
547   journal = {Annu. Rev. Phys. Chem.},
548   year = {1992},
549   volume = {43},
550   pages = {407-435}
551 }
552
553 @ARTICLE{Straatsma1991,
554   author={Straatsma, T. P. and McCammon, J. A. },
555   title={Multiconfiguration thermodynamic integration},
556   journal={J. Chem. Phys.},
557   year={1991},
558   volume={95},
559   pages={1175-1118}
560 }
561
562 @ARTICLE{Zwanzig1954,
563   author = {Zwanzig, R. W. },
564   title = {High--temperature equation of state by a perturbation method. I.
565         Nonpolar gases},
566   journal = {J. Chem. Phys.},
567   year = {1954},
568   volume = {22},
569   pages = {1420-1426}
570 }
571
572 @BOOK{Chipot2007,
573   title = {Free energy calculations.
574          Theory and applications in chemistry and biology},
575   publisher = {Springer Verlag},
576   year = {2007},
577   editor = {C. Chipot and A. Pohorille},
578 }
579
580 @INBOOK{Kirkwood1968,
581   title={Theory of liquids},
582   publisher={Gordon and Breach},
583   year={1968},
584   editor={Alder, B. J. },
585   author={Kirkwood, J. G. },
586   address={New York},
587   booktitle={Theory of liquids}
588 }
589
590 @ARTICLE{Beutler1994,
591   author = {Beutler, T. C. and Mark, A. E. and van Schaik, R. C. and Gerber, P. R. and van Gunsteren, W. F. },
592   title = {Avoiding singularities and numerical instabilities in free energy calculations based on molecular simulations},
593   journal = {Chem. Phys. Lett.},
594   year = {1994},
595   volume = {222},
596   pages = {529--539}
597 }
598
599 @ARTICLE{Bennett1976,
600   author = {Bennett, C. H.},
601   title = {Efficient estimation of free energy differences with monte carlo data},
602   journal = {J. Comp. Phys.},
603   year = {1976},
604   volume = {22},
605   pages = {245--268}
606 }
607
608 @ARTICLE{Zacharias1994,
609   author = {Zacharias M. and Straatsma, T. P. and McCammon J. A.},
610   title = {Separation-shifted scaling, a new scaling method for {L}ennard-{J}ones interactions in thermodynamic integration},
611   journal = {J. Chem. Phys.},
612   year = {1994},
613   volume = {100},
614   pages = {9025--9031}
615 }
616
617 @BOOK{Frenkel2002,
618     author={Daan Frenkel and Berend Smit},
619     title={Understanding Molecular Simulation From Algorithms to Applications},
620     publisher={Academic Press},
621     year=2002,
622     address={California}
623 }
624
625   
626
627
628 % end FEP entries from sdixit and chipot and harrison
629
630
631 @Article{ROIT91,
632   author =       "A. Roitberg and R. Elber",
633   title =        "Modeling side chains in peptides and proteins: Application of the locally enhanced sampling technique and the simulated annealing methods to find minimum energy conformations",
634   journal =      JCP,
635   year =         1991,
636   volume =       95,
637   pages =        {9277--9287}
638 }
639
640 @article{SIMM98,
641   author={C. Simmerling and T. Fox and P. A. Kollman},
642   title={Use of locally enhanced sampling in free energy calculations: {T}esting and application to the $\alpha\rightarrow\beta$ anomerization of glucose},
643   journal=JACS,
644   volume=120,
645   number=23,
646  year=1998,
647  pages={5771-5782}
648 }
649
650 @article{SIMM00,
651 author={C. Simmerling and M. R. Lee and A. R. Ortiz and A. Kolinski and J. Skolnick and P. A. Kollman},
652 title={Combining {MONSSTER} and {LES/PME} to predict protein structure from amino acid sequence: {A}pplication to the small protein {CMTI-1}},
653 journal=JACS,
654 volume=122,
655 number=35,
656  year=2000,
657  pages={8392-8402}
658 }
659
660 %% introduces artificial splittings for MTS
661 @article{SKEE94,
662   author = {R. D. Skeel and J. J. Biesiadecki},
663   title = "Symplectic integration with variable stepsize",
664   journal = ANM,
665   volume=1,
666   pages="191-198",
667   year = "1994",
668 }
669
670 @article{KOOP2006,
671   title={Advantages of a {Lowe-Andersen} thermostat in molecular dynamics simulations},
672   author={E. A. Koopman and C. P. Lowe},
673   journal=JCP,
674   volume={124},
675   pages={204103},
676   year={2006}
677 }
678
679 @ARTICLE{Deng2009,
680   author = {Deng, Yuqing and Roux, Beno\^it},
681   title = {Computations of Standard Binding Free Energies with Molecular Dynamics
682    Simulations},
683   journal = {J. Phys. Chem. B},
684   year = {2009},
685   volume = {113},
686   pages = {2234--2246},
687   number = {8}
688 }
689
690 @ARTICLE{Henin2010,
691     author = {H\'enin, J. and Fiorin, G. and Chipot, C. and Klein, M. L.},
692     title = {Exploring Multidimensional Free Energy Landscapes Using Time-Dependent
693      Biases on Collective Variables},
694     journal = {J. Chem. Theory Comput.},
695     year = {2010},
696     volume = {6},
697     pages = {35-47},
698     number = {1}
699 }
700
701 #SMOG references from JLai
702 @article{Whitford2009aaa,
703 author = {Whitford, Paul C. and Noel, Jeffrey K. and Gosavi, Shachi and Schug, Alexander and Sanbonmatsu, Kevin Y. and Onuchic, José N.},
704 title = {An all-atom structure-based potential for proteins: Bridging minimal models with all-atom empirical forcefields},
705 journal = {Proteins},
706 volume = {75},
707 number = {2},
708 pages = {430--441},
709 year = {2009},
710 }
711
712 @article{Noel2010ssd,
713 author = {Noel, Jeffrey K and Whitford, Paul C and Sanbonmatsu, Karissa Y and Onuchic, Jos\'{e} N},
714 issn = {1362-4962},
715 journal = {Nucleic Acids Research},
716 pages = {W657--61},
717 pmid = {20525782},
718 title = {{SMOG@ctbp: simplified deployment of structure-based models in GROMACS.}},
719 volume = {38},
720 year = {2010}
721 }
722 @article{Whitford2009nhf,
723 title = "Nonlocal Helix Formation Is Key to Understanding S-Adenosylmethionine-1 Riboswitch Function ",
724 journal = {Biophysical Journal},
725 volume = "96",
726 number = "2",
727 pages = "L7 - L9",
728 year = "2009",
729 issn = "0006-3495",
730 author = "Paul C. Whitford and Alexander Schug and John Saunders and Scott P. Hennelly and José N. Onuchic and Kevin Y. Sanbonmatsu"
731 }
732 #end SMOG references from JLai
733
734 #GBIS references from dtanner
735 @article{BOND64,
736   author = {A. Bondi},
737   title ={van der {Waals} volumes and radii },
738   journal=JPC,
739   volume={68},
740   pages={441--451},
741   year={1964}
742 }
743 @Article{ONUF04,
744  author = {Alexey Onufriev and Donald Bashford and David A. Case},
745  title = {Exploring Protein Native States and Large-Scale Conformational Changes With a Modified Generalized Born Model},
746  journal = PRO,
747  year = 2004,
748  volume = 55,
749  pages = {383-394},
750 }
751 @Article{ONUF00,
752  author = {Alexey Onufriev and Doland Bashford and David A. Case},
753  title = {Modification of the Generalised Born Model Suitable for Macromolecules},
754  journal = JPC,
755  year = 2000,
756  volume = 104,
757  pages = {3712-3720},
758 }
759 @Article{HAWK96,
760  author = {Gregory D. Hawkins and Christopher J. Cramer and Donald G. Truhlar},
761  title = {Parametrized Models of Aqueous Free Energies of Solvation Based on Pairwise Descreening of Solute Atomic Charges from a Dielectric Medium},
762  journal = JPC,
763  year = 1996,
764  volume = 100,
765  pages = {19824-19839},
766 }
767 @Article{SCHA90,
768  author = {Michael Schaefer and Cornelius Froemmel},
769  title = {A Precise Analytical Method for Calculating the Electrostatic Energy of Macromolecules in Aqueous Solution},
770  journal = JMB,
771  year = 1990,
772  volume = 216,
773  pages = {1045-1066},
774 }
775 @Article{SRIN99,
776  author = {Jayashree Srinivasan and Megan W. Trevathan and Paul Beroza and David A. Case},
777  title = {Application of a pairwise generalized Born model to proteins and nucleic acids: inclusion of salt eff􏰟ects},
778  journal = TCA,
779  year = 1999,
780  volume = 101,
781  pages = {426-434},
782 }
783 @Article{STIL90,
784  author = {W. Clark Still and Anna Tempczyk and Ronald C. Hawley and Thomas Hendrickson},
785  title = {Semianalytical Treatment of Solvation for Molecular Mechanics and Dynamics},
786  journal = JACS,
787  year = 1990,
788  volume = 112,
789  pages = {6127-6129},
790 }
791 @Article{WEIS99,
792  author = {Weiser, Jorg and Senkin, Peter and Still, W. Clark},
793  title = {Approximate atomic surfaces from linear combinations of pairwise overlaps ({LCPO})},
794  journal = JCC,
795  year = 1999,
796  volume = 20,
797  pages = {217--230},
798 }
799
800 #end GBIS references from dtanner
801
802 #begin MARTINI forcefield
803
804 @article{MARR2004,
805         author={Siewert J. Marrink and Alex H. de Vries and Alan E. Mark},
806         title={Coarse Grained Model for Semiquantitative Lipid Simulations},
807         journal=JPCB,
808         volume=108,
809         pages={750--760},
810         year=2004
811 }
812
813 @article{MARR2007,
814   author={S. J. Marrink and H. J. Risselada and S. Yefimov and D. P. Tieleman and A. H. de Vries},
815   title={The MARTINI forcefield: coarse grained model for biomolecular simulations},
816   journal=JPCB,
817   year=2007,
818   volume=111,
819   pages={7812--7824},
820   owner={char}
821 }
822
823 @article{MONT2008,
824    author = {L. Monticelli and S.K. Kandasamy and X. Periole and R.G. Larson D.P. Tieleman S.J. Marrink},
825    title = {The MARTINI coarse grained forcefield: extension to proteins},
826    journal = JCTC,
827    volume = {4},
828    pages = {819-834},
829    year = {2008}
830 }
831
832 #end MARTINI forcefield
833
834 #begin aMD references
835 @article{HAME2004mc,
836 author = {D. Hamelberg and J. Mongan and J.A. McCammon},
837 title = {Accelerated molecular dynamics: a promising and efficient simulation method for biomolecules},
838 journal = JCP,
839 volume = {120},
840 number = {24},
841 pages = {11919-11929},
842 year = {2004},
843 }
844
845 @article{HAME2007mc,
846 author = {D. Hamelberg and C.A. de Oliveira and J.A. McCammon},
847 title = {Sampling of slow diffusive conformational transitions with accelerated molecular dynamics},
848 journal = JCP,
849 volume = {127},
850 pages = {155102},
851 year = {2007},
852 }
853
854 @article{WANG2011mc,
855 author = {Y. Wang and C. Harrison and K. Schulten and J.A. McCammon},
856 title = {Implementation of Accelerated Molecular Dynamics in {NAMD}},
857 journal = {"Comp.\ Sci.\ Discov."},
858 volume = {4},
859 pages = {015002},
860 year = {2011},
861 }
862 #end of aMD references
863
864 @article{MIAO2015mc,
865     author = {Y. Miao and V. Feher and J.A. McCammon},
866     title = {Gaussian Accelerated Molecular Dynamics: Unconstrained Enhanced Sampling and Free Energy Calculation},
867     journal = JCTC,
868     volume = {11},
869     pages = {3584-3595},
870     year = {2015}
871 }
872
873 @article{PANG2017mc,
874     author = {Y.T. Pang and Y. Miao and Y. Wang and J.A. McCammon},
875     title = {Gaussian Accelerated Molecular Dynamics in {NAMD}},
876     journal = JCTC,
877     volume = {13},
878     pages = {9-19},
879     year = {2017}
880 }
881
882 #begin Drude polarizable force field references
883
884 @article{Thole81,
885         Author = {B. T. Thole},
886         Folder = {Polarisabilites distribuees},
887         Journal = CP,
888         Pages = {341--350},
889         Title = {Molecular polarizabilities calculated with a modified dipole interaction},
890         Volume = 59,
891         Year = 1981
892 }
893
894 @article{van1998molecular,
895         Author = {Van Duijnen, P.T. and Swart, M.},
896         Date-Added = {2010-08-16 12:14:32 -0500},
897         Date-Modified = {2010-08-16 12:14:32 -0500},
898         Journal = JPCA,
899         Number = {14},
900         Pages = {2399--2407},
901         Publisher = {ACS Publications},
902         Title = {Molecular and atomic polarizabilities: Thole's model revisited},
903         Volume = {102},
904         Year = {1998}
905 }
906
907 @article{Lamoureux-2003a,
908         Author = {Lamoureux, G. and Roux, B.},
909         Di = {10.1063/1.1589749},
910         Journal = JCP,
911         Number = {6},
912         Owner = {roux},
913         Pages = {3025--3039},
914         Sn = {0021-9606},
915         Tc = {50},
916         Timestamp = {2008.09.03},
917         Title = {Modeling induced polarization with classical {D}rude oscillators: {T}heory and molecular dynamics simulation algorithm},
918         Ut = {WOS:000184350300010},
919         Volume = {119},
920         Year = {2003}
921 }
922
923 @article{Harder2006,
924         Author = {Harder, E. and Anisimov, V. M. and Vorobyov, I. V. and Lopes, P. E. M. and Noskov, S. Y. and MacKerell, A. D. and Roux, B.},
925         Di = {10.1021/ct600180x},
926         Journal = JCTC,
927         Number = {6},
928         Owner = {roux},
929         Pages = {1587--1597},
930         Sn = {1549-9618},
931         Tc = {9},
932         Timestamp = {2008.09.03},
933         Title = {Atomic level anisotropy in the electrostatic modeling of lone pairs for a polarizable force field based on the classical Drude oscillator},
934         Ut = {WOS:000241992200013},
935         Volume = {2},
936         Year = {2006}
937 }
938
939 @article{Lamoureux-2006a,
940         Author = {Lamoureux, G. and Harder, E. and Vorobyov, I. V. and Roux, B. and MacKerell, A. D.},
941         Di = {10.1016/j.cplett.2005.10.135},
942         Journal = CPL,
943         Number = {1-3},
944         Owner = {roux},
945         Pages = {245--249},
946         Sn = {0009-2614},
947         Tc = {19},
948         Timestamp = {2008.09.03},
949         Title = {A polarizable model of water for molecular dynamics simulations of biomolecules},
950         Ut = {WOS:000234849500047},
951         Volume = {418},
952         Year = {2006}
953 }
954
955 @article{JIAN2011,
956   author={Wei Jiang and David Hardy and James Phillips and Alex MacKerell and Klaus Schulten and Benoit Roux},
957   title={High-performance scalable molecular dynamics simulations of a polarizable force field based on classical {Drude} oscillators in {NAMD}},
958   journal=JPCL,
959   volume={2},
960   pages={87-92},
961   year={2011},
962   tbreference={547},
963   tbstatus={Published.},
964   annote={}
965 }
966
967 #end Drude polarizable force field references
968
969 % MSM reference
970
971 @article{HARD2015,
972 author={David J. Hardy and Zhe Wu and James C. Phillips and John E. Stone and Robert D. Skeel and Klaus Schulten},
973 title={Multilevel Summation Method for Electrostatic Force Evaluation},
974 journal=JCTC,
975 volume={11},
976 pages={766-779},
977 year={2015},
978 note={},
979 tbreference={652},
980 tbstatus={Published.},
981 annote={}
982 }
983
984 %begin constant pH MD
985 @Article{Stern_JChemPhys_2007_v126_p164112,
986   author =       {Harry A. Stern},
987   title =        {{M}olecular simulation with variable protonation states at
988                   constant {pH}},
989   journal =      {J. Chem. Phys.},
990   year =         2007,
991   volume =       126,
992   pages =        164112
993 }
994
995 @Article{Chen_JChemTheoryComput_2015_v11_p3919,
996   author =       {Yunjie Chen and Beno\^{i}t Roux},
997   title =        {{C}onstant--{pH} Hybrid Nonequilibrium Molecular
998                   Dynamics--{M}onte {C}arlo Simulation Method},
999   journal =      {J. Chem. Theory Comput.},
1000   year =         2015,
1001   volume =       11,
1002   pages =        {3919--3931}
1003 }
1004
1005 @Article{Nilmeier_ProcNatlAcadSci_2011_v108_pE1009,
1006   author =       {Jerome P. Nilmeier and Gavin E. Crooks and David D. L. Minh
1007                   and John D. Chodera},
1008   title =        {{N}onequilibrium candidate {M}onte {C}arlo is an efficient
1009                   tool for equilibrium simulation},
1010   journal =      {Proc. Natl. Acad. Sci. USA},
1011   year =         2011,
1012   volume =       108,
1013   pages =        {E1009--E1018},
1014   PMCID =        {PMCID: PMC3215031}
1015 }
1016
1017 @Article{Chen_JChemPhys_2015_v142_p024101,
1018   author =       {Yunjie Chen and Beno\^{i}t Roux},
1019   title =        {{G}eneralized {M}etropolis Acceptance Criterion for Hybrid
1020                   Non-equilibrium Molecular Dynamics--{M}onte {C}arlo
1021                   Simulations},
1022   journal =      {J. Chem. Phys.},
1023   year =         2015,
1024   volume =       142,
1025   pages =        024101
1026 }
1027
1028 @Article{Radak_JChemPhys_2016_v145_p134109,
1029   author =       {Brian K. Radak and Beno\^{i}t Roux},
1030   title =        {{E}fficiency in Nonequilibrium Molecular Dynamics {M}onte
1031                   {C}arlo Simulations},
1032   journal =      {J. Chem. Phys.},
1033   year =         2016,
1034   volume =       145,
1035   pages =        134109
1036 }
1037
1038 @Article{Radak_JChemTheoryComput_2017_v13_p5933,
1039   author =       {Brian K. Radak and Christophe Chipot and Donghyuk Suh and
1040                   Sunhwan Jo and Wei Jiang and James C. Phillips and Klaus
1041                   Schulten and Beno{\^i}t Roux},
1042   title =        {{C}onstant-{pH} Molecular Dynamics Simulations for Large
1043                   Biomolecular Systems},
1044   journal =      {J. Chem. Theory Comput.},
1045   year =         2017,
1046   volume =       13,
1047   pages =        {5933--5944}
1048 }
1049
1050 %end constant pH MD
1051
1052 @Article{Bussi_JChemPhys_2007_v126_p014101,
1053   author =       {Giovanni Bussi and Davide Donadio and Michele
1054                   Parrinello},
1055   title =        {{C}anonical Sampling Through Velocity Rescaling},
1056   journal =      {J. Chem. Phys.},
1057   year =         2007,
1058   volume =       126,
1059   pages =        014101
1060 }
1061
1062
1063 % begin RAMD references
1064
1065 @article{ludemann2000substrates,
1066   title={How do substrates enter and products exit the buried active site of cytochrome {P}450cam? 1. Random expulsion molecular dynamics investigation of ligand access channels and mechanisms},
1067   author={L{\"u}demann, Susanna K and Lounnas, Val{\`e}re and Wade, Rebecca C},
1068   journal={Journal of Molecular Biology},
1069   volume={303},
1070   number={5},
1071   pages={797--811},
1072   year={2000},
1073   publisher={Elsevier}
1074 }
1075
1076 @article{winn2002comparison,
1077   title={Comparison of the dynamics of substrate access channels in three cytochrome {P}450s reveals different opening mechanisms and a novel functional role for a buried arginine},
1078   author={Winn, Peter J and L{\"u}demann, Susanna K and Gauges, Ralph and Lounnas, Val{\`e}re and Wade, Rebecca C},
1079   journal={Proceedings of the National Academy of Sciences},
1080   volume={99},
1081   number={8},
1082   pages={5361--5366},
1083   year={2002},
1084   publisher={National Acad Sciences}
1085 }
1086
1087 @article{schleinkofer2005mammalian,
1088   title={Do mammalian cytochrome {P}450s show multiple ligand access pathways and ligand channelling?},
1089   author={Schleinkofer, Karin and Winn, Peter J and L{\"u}demann, Susanne K and Wade, Rebecca C and others},
1090   journal={EMBO Reports},
1091   volume={6},
1092   number={6},
1093   pages={584--589},
1094   year={2005},
1095   publisher={EMBO Press}
1096 }
1097
1098 @article{carlsson2006unbinding,
1099   title={Unbinding of retinoic acid from the retinoic acid receptor by random expulsion molecular dynamics},
1100   author={Carlsson, Peter and Burendahl, Sofia and Nilsson, Lennart},
1101   journal={Biophysical Journal},
1102   volume={91},
1103   number={9},
1104   pages={3151--3161},
1105   year={2006},
1106   publisher={Elsevier}
1107 }
1108
1109 @article{vashisth2008ligand,
1110   title={Ligand escape pathways and (un) binding free energy calculations for the hexameric insulin-phenol complex},
1111   author={Vashisth, Harish and Abrams, Cameron F},
1112   journal={Biophysical Journal},
1113   volume={95},
1114   number={9},
1115   pages={4193--4204},
1116   year={2008},
1117   publisher={Elsevier}
1118 }
1119
1120 @article{kokh2018estimation,
1121 author = {Kokh, Daria B. and Amaral, Marta and Bomke, Joerg and Gr{\"a}dler, Ulrich and Musil, Djordje and Buchstaller, Hans-Peter and Dreyer, Matthias K. and Frech, Matthias and Lowinski, Maryse and Vallee, Francois and Bianciotto, Marc and Rak, Alexey and Wade, Rebecca C.},
1122 title = {Estimation of Drug-Target Residence Times by $\tau$-Random Acceleration Molecular Dynamics Simulations},
1123 journal = {Journal of Chemical Theory and Computation},
1124 volume = {14},
1125 number = {7},
1126 pages = {3859-3869},
1127 year = {2018},
1128 doi = {10.1021/acs.jctc.8b00230},
1129 note ={PMID: 29768913},
1130 URL = { https://doi.org/10.1021/acs.jctc.8b00230},
1131 eprint = { https://doi.org/10.1021/acs.jctc.8b00230}
1132 }
1133
1134 @article{biedermannova2012single,
1135 author={Biedermannov{\'a}, Lada and Prokop, Zbynek and Gora, Artur and Chovancov{\'a}, Eva and Kov{\'a}cs, Mih{\'a}ly and Damborsky, Jiri and Wade, Rebecca C},
1136 title = {A Single Mutation in a Tunnel to the Active Site Changes the Mechanism and Kinetics of Product Release in Haloalkane Dehalogenase LinB},
1137 volume = {287}, 
1138 number = {34}, 
1139 pages = {29062-29074}, 
1140 year = {2012}, 
1141 doi = {10.1074/jbc.M112.377853}, 
1142 URL = {http://www.jbc.org/content/287/34/29062.abstract}, 
1143 eprint = {http://www.jbc.org/content/287/34/29062.full.pdf+html}, 
1144 journal = {Journal of Biological Chemistry} 
1145 }
1146
1147 @article{cojocaru2012multiple,
1148 author = {Cojocaru, Vlad  and Winn, Peter  J. and Wade, Rebecca  C.},
1149 title =  {Multiple, Ligand-dependent Routes from the Active Site of Cytochrome {P}450 2{C}9},
1150 volume = {13},
1151 journal = {Current Drug Metabolism},
1152 number = {2},
1153 pages = {143-154},
1154 year = {2012},
1155 doi = {10.2174/138920012798918462},
1156 URL = {http://www.eurekaselect.com/node/75602/article}
1157 }
1158
1159 % end RAMD references
1160
1161 % begin REST2 references
1162
1163 @article{WANG2011E,
1164  author = {Lingle Wang and Richard A. Friesner and B. J. Berne},
1165  title = {Replica Exchange with Solute Scaling: A More Efficient Version of
1166          Replica Exchange with Solute Tempering {(REST2)}},
1167  journal = JPCB,
1168  year = 2011,
1169  volume = 115,
1170  number = 30,
1171  pages = {9431--9438},
1172 }
1173
1174 @article{JO2015,
1175  author = {Sunhwan Jo and Wei Jiang},
1176  title = {A generic implementation of replica exchange with solute
1177          tempering ({REST}2) algorithm in {NAMD} for
1178          complex biophysical simulations},
1179  journal = CPC,
1180  volume = 197,
1181  pages = {304--311},
1182  year = 2015,
1183  issn = {0010-4655},
1184  doi = "http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S001046551500329X",
1185  keywords = "REST2, NAMD, Tcl, Free energy calculation"
1186 }
1187
1188 % end REST2 references
1189
1190 % begin QM/MM references
1191
1192 @article{SENN2009,
1193   title={QM/MM methods for biomolecular systems},
1194   author={Senn, Hans Martin and Thiel, Walter},
1195   journal=ACIEE,
1196   volume={48},
1197   number={7},
1198   pages={1198--1229},
1199   year={2009},
1200   publisher={Wiley Online Library}
1201 }
1202
1203 @article{MELO2018,
1204    author = {Marcelo Melo and Rafael Bernardi and Till Rudack and Maximilian Scheurer and Christoph Riplinger and James Phillips and Julio Maia and Gerd Rocha and J. Ribeiro and John Stone and Frank Nesse and Klaus Schulten and Zaida Luthey-Schulten},
1205    title = {{NAMD} goes quantum: An integrative suite for {QM/MM} simulations},
1206    journal = NATMET,
1207    volume={15},
1208    pages={351--354},
1209    year={2018},
1210    doi = {},
1211    tbreference={720},
1212    tbstatus={Published.},
1213    note={},
1214    pmcid={PMC6095686},
1215    annote={}
1216 }
1217
1218 @article{RIBE2016,
1219 author={Joao V. Ribeiro and Rafael C. Bernardi and Till Rudack and John E. Stone and James C. Phillips and Peter L. Freddolino and Klaus Schulten},
1220 title={Qwik{MD}-Integrative Molecular Dynamics Toolkit for Novices and Experts},
1221 journal=SR,
1222 volume={6},
1223 pages={26536},
1224 year={2016},
1225 note={},
1226 doi={10.1038/srep26536},
1227 tbreference={687},
1228 tbstatus={Published.},
1229 pmcid={PMC4877583},
1230 annote={}
1231 }
1232
1233 @article{STEW90,
1234   title={MOPAC: a semiempirical molecular orbital program},
1235   author={Stewart, James JP},
1236   journal=JCAMD,
1237   volume={4},
1238   number={1},
1239   pages={1--103},
1240   year={1990},
1241   publisher={Springer}
1242 }
1243
1244 @article{MAIA2012,
1245   title={GPU linear algebra libraries and GPGPU programming for accelerating MOPAC semiempirical quantum chemistry calculations},
1246   author={Maia, Julio Daniel Carvalho and Urquiza Carvalho, Gabriel Aires and Mangueira Jr, Carlos Peixoto and Santana, Sidney Ramos and Cabral, Lucidio Anjos Formiga and Rocha, Gerd B},
1247   journal=JCTC,
1248   volume={8},
1249   number={9},
1250   pages={3072--3081},
1251   year={2012},
1252   publisher={ACS Publications}
1253 }
1254
1255 @article{NEES2012,
1256   author={Frank Neese},
1257   journal=WIRCMS,
1258   volume={2},
1259   year=2012,
1260   pages={73--78},
1261   title={The {ORCA} program system}
1262 }
1263
1264 % end QM/MM references
1265