6028f63bd735489db9d147effa2b24cff433bec8
[namd.git] / ug / ug.bib
1 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
2 %                                                                          %
3 %              (C) Copyright 1995 The Board of Trustees of the             %
4 %                          University of Illinois                          %
5 %                           All Rights Reserved                            %
6 %                                                                          %
7 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
8
9 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
10 % RCS INFORMATION:
11 %
12 %       $RCSfile: ug.bib,v $
13 %       $Author: jim $        $Locker:  $                $State: Exp $
14 %       $Revision: 1.28 $      $Date: 2017/02/06 18:54:16 $
15 %
16 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
17 % DESCRIPTION:
18 %       Local bibliography entries for the NAMD User's Guide
19 %
20 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
21 % REVISION HISTORY:
22 %
23 % $Log: ug.bib,v $
24 % Revision 1.28  2017/02/06 18:54:16  jim
25 % Fix "page" to "pages".
26 %
27 % Revision 1.27  2017/02/06 18:51:34  jim
28 % Add volume and page to GaMD reference.
29 %
30 % Revision 1.26  2017/02/03 21:39:29  jim
31 % Gaussian accelerated MD (GaMD) implementation by Andrew Pang and Yi Wang.
32 %
33 % Revision 1.25  2016/09/19 22:51:20  jim
34 % Fix error.
35 %
36 % Revision 1.24  2015/03/03 18:37:36  dhardy
37 % Added recommendations and reference for MSM
38 %
39 % Revision 1.23  2014/05/21 00:35:48  jlai7
40 % Updated structure based sections and added references to SMOG code
41 %
42 % Revision 1.22  2013/06/11 20:22:52  jim
43 % From Jérôme Hénin, add back ref Shirts2007 that got deleted.
44 %
45 % Revision 1.21  2013/06/10 16:03:08  jim
46 % Move colvars references to separate .bib file.
47 %
48 % Revision 1.20  2012/04/18 22:20:47  jim
49 % Updated colvars references from Giacomo Fiorin.
50 %
51 % Revision 1.19  2012/02/23 19:26:01  dtanner
52 % adding documentation for LCPO
53 %
54 % Revision 1.18  2011/09/28 22:17:37  dhardy
55 % added Drude model to user guide, with references in bib file
56 %
57 % Revision 1.17  2011/05/12 19:49:04  jim
58 % Add missing journal names.
59 %
60 % Revision 1.16  2011/03/15 07:53:00  yiwang
61 % added aMD related references - yi
62 %
63 % Revision 1.15  2011/03/08 17:51:58  jim
64 % Add MARTINI forcefield references.
65 %
66 % Revision 1.14  2011/02/03 16:41:27  dtanner
67 % adding users guide chapter for implicit solvent as well as shortening superfluous gbis communication by sending messages of size zero instead of messages of size nAtoms
68 %
69 % Revision 1.13  2010/09/12 21:49:32  jim
70 % update from Jerome Henin
71 %
72 % Revision 1.12  2010/02/25 18:11:21  dbwells2
73 % *** empty log message ***
74 %
75 % Revision 1.11  2009/10/27 22:56:45  dhardy
76 % fixed the documentation for longSplitting and the new 'c2' option
77 %
78 % Revision 1.10  2009/06/14 01:28:16  petefred
79 % Add documentation for LJ tail corrections
80 %
81 % Revision 1.9  2009/03/23 21:06:57  char
82 % updated refs for alchemical section
83 %
84 % Revision 1.8  2008/11/14 01:29:19  char
85 % *** empty log message ***
86 %
87 % Revision 1.6  2006/09/17 21:33:00  jim
88 % update chipot ref
89 %
90 % Revision 1.5  2005/07/21 16:23:32  jim
91 % Add adaptive biasing force method from Chipot.
92 %
93 % Revision 1.4  2003/09/18 22:35:08  jim
94 % Patches from Chris Chipot and Jerome Henin.
95 %
96 % Revision 1.3  2002/03/08 23:07:45  jim
97 % Added refs from proposal to LES docs.
98 %
99 % Revision 1.2  2002/02/20 22:26:03  jim
100 % Added alchemical free energy docs "as is", fixed only to build.
101 %
102 % Revision 1.1  1998/01/05 21:12:29  dhardy
103 % user guide, first draft
104 %
105 % Revision 1.3  1997/08/07 16:09:43  dhardy
106 % changed CHARMm to CHARMM
107 %
108 % Revision 1.2  1996/05/20 16:39:37  brunner
109 % Now includes bib entries and abbreviations for all references
110 % in ug.tex
111 %
112 % Revision 1.1  1995/06/19 16:12:36  nelson
113 % Initial revision
114 %
115 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
116
117 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
118 % NOTES:        1) see top of group.bib for journal abbreviations.
119 %               2) article keyword should be of the form AAAANN, where
120 %                  AAAA = first four characters of first author, in all-caps
121 %                  NN = last two digits of year published, i.e. 94
122 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
123 %
124 % New note: I am moving all bib entries here, so we don't need to read
125 % other bibs.  This reduces duplicate definitions.  But we then need
126 % to put all abbreviations here as well.
127 % RKB 5-20-96
128 %
129
130 @string{JMB = "J.\ Mol.\ Biol."}
131 @string{JCC = "J.\ Comp.\ Chem."}
132 @string{JCP = "J.\ Chem.\ Phys."}
133 @string{JACS = "J.\ Am. Chem.\ Soc."}
134 @string{ANM = "Ann.\ Numer.\ Math."}
135 @string{JPC = "J.~Phys.\ Chem."}
136 @string{TCA = "Theor\ Chem\ Acc"}
137 @string{PRO = "Proteins:\ Struct.,\ Func.,\ Gen."}
138 @string{JPCA = "J.~Phys.\ Chem.~A"}
139 @string{JPCB = "J.~Phys.\ Chem.~B"}
140 @string{JPCL = "J.~Phys.\ Chem.\ Lett."}
141 @string{JCTC = "J.~Chem.\ Theor.\ Comp."}
142 @string{CPL = "Chem.\ Phys.\ Lett."}
143 @string{CP = "Chem.\ Phys."}
144
145 @inproceedings{CRUZ93,
146   author={Carolina Cruz-Neira and Dan J. Sandin and Thomas A. DeFanti},
147   title={Unknown},
148   year=1993,
149   pages={135},
150   booktitle={Proceedings of SIGGRAPH '93},
151   address={Anaheim, CA},
152   publisher={Association for Computing Machinery}
153 }
154
155
156 @inproceedings{lin:atm,
157   author={Mengjou Lin and Jenwei Hsieh and David H. C. Du and Joseph P. Thomas and James A. MacDonald},
158   title={Distributed Network Computing Over Local {ATM} Networks},
159   year=1994,
160   pages={154-163},
161   booktitle={Proceedings of Supercomputing '94},
162   address={Washington, DC},
163   publisher={IEEE Computer Society Press}
164 }
165
166 @manual{sun:xdr,
167   organization={Sun Microsystems},
168   title={X{D}{R}: External Data Representation Standard. {RFC}-1014},
169   year=1987
170 }
171
172 @techreport{duke:fma,
173   author={J. Board and Z. Hakura and W. Elliot and W. Rankin},
174   title={Scalable Variants of Multipole-Accelerated Algorithms for Molecular Dynamics Applications}, 
175   institution={Duke University, Dept. of Elec. Engr.},
176   type={Technical Report},
177   number={TR94-006},
178   year={1994}
179 }
180
181 @article{ZhSc93,
182   Author="G. Zhang and T. Schlick",
183   Title="{LIN}: A New Algorithm to Simulate the Dynamics of Biomolecules by Combining Implicit-Integration and Normal Mode Techniques",
184   Journal=JCC,
185   volume=14,
186   pages={1212--1233},
187   year=1993
188 }
189
190 @techreport{ornl:pvm,
191   author={A. Geist and A. Beguelin and J. Dongarra and W. Jiang and R. Manchek and V. Sunderam},
192   title={{PVM}~3 Users Guide and Reference Manual},
193   institution={Oak Ridge National Laboratory},
194   type={Technical Manual},
195   number={ORNL/TM-12187},
196   month={May},
197   year={1994}
198 }
199
200 @article{penn:npt,
201   Author={G. Martyna and D. Tobias and M. Klein},
202   Title={Constant pressure molecular dynamics algorithms},
203   Journal=JCP,
204   volume=101,
205   pages={4177--4189},
206   year=1994
207 }
208
209 @article{BERN77,
210   author={F. C. Bernstein and T. F. Koetzle and G. J. B. Williams and E. F. Meyer, Jr. and M. D. Brice and J. R. Rodgers and O. Kennard and T. Shimanouchi and M. Tasumi},
211   title={The Protein Data Bank: A Computer-Based Archival File For Macromolecular Structures},
212   journal=JMB,
213   volume=112,
214   pages={535--542},
215   year=1977
216 }
217
218 @manual{XMOL93,
219   key={MSCI},
220   title={XMol, Version 1.3.1},
221   organization={Minnesota Supercomputer Center, Inc.},
222   address={Minneapolis, MN},
223   year=1993
224 }
225
226 @article{CARS91,
227   author={M. Carson},
228   title={{RIBBONS} 2.0},
229   journal=JAC,
230   volume=24,
231   pages={958--961},
232   year=1991
233 }
234
235 @article{WEIN81,
236   author={P. K. Weiner and P. A. Kollman},
237   title={{AMBER}: Assisted Model Building With Energy Refinement.  A General Program for Modeling Molecules and Their Interactions},
238   journal=JCC,
239   volume=2,
240   pages=287,
241   year=1981
242 }
243
244 @incollection{CARS85,
245   author={M. Carson and J. Hermans},
246   title={The Molecular Dynamics Workshop Laboratory},
247   booktitle={Molecular Dynamics and Protein Structure},
248   editor={J. Hermans},
249   publisher={University of North Carolina},
250   address={Chapel Hill},
251   pages={165--166},
252   year=1985
253 }
254
255 @inproceedings{crpc:space,
256   Author={T. Clark and R. Hanxleden and J. McCammon and L. Scott},
257   Title={Parallelizing Molecular Dynamics using Spatial Decomposition},
258   month=May,
259   year=1994,
260   booktitle={Proceedings of the Scalable High Performance Computing Conference},
261   address={Knoxville, TN},
262 }
263
264 @techreport{sandia:decomp,
265   author={S. Plimpton and B. Hendrickson},
266   title={A New Parallel Method for Molecular Dynamics Simulation of Macromolecular Systems},
267   institution={Sandia National Laboratories},
268   type={Technical Report},
269   number={SAND94-1862},
270   month={August},
271   year={1994}
272 }
273
274 @article{bb:decomp,
275   author={B. R. Brooks and M. Hodoscek},
276   title={Parallelization of CHARMM for MIMD Machines},
277   journal={Chemical Design Automation News},
278   volume=7,
279   number=12,
280   pages={16--22},
281   year=1992
282 }
283
284 @inproceedings{kale:mdl,
285   author={L. V. Kale and A. Gursoy},
286   title={Modularity, Reuse and Efficiency with Message-Driven Libraries},
287   booktitle={Proceedings of the $7^{th}$ SIAM Parallel Processing Conference}, 
288   month =Feb,
289   year  =1995,
290   address={San Fransisco, CA}
291 }
292
293 @inproceedings{kale:charm,
294   author={L. V. Kale and S. Krishnan},
295   title={CHARM++ :  A Portable Concurrent Object Oriented System Based on {C++}},
296   booktitle={Proceedings of OOPSLA-93},
297   month =Sep,
298   year  =1993,
299   address={Washington, DC}
300 }
301
302 @article{HANE94,
303   author={S. W. Haney},
304   title={Is {C++} Fast Enough For Scientific Computing?},
305   journal=CIP,
306   volume=8,
307   number=6,
308   pages={690--694},
309   year=1994
310 }
311
312 @article{BERG87,
313   author={M. J. Berger and S. H. Bokhari},
314   title={A Partitioning Strategy for Nonuniform Problems on Multiprocessors},
315   journal={IEEE Transactions on Computers},
316   volume={C-36},
317   number=5,
318   pages={570--580},
319   month=May,
320   year=1987
321 }
322
323 @incollection{WIND95,
324   author={A. Windemut},
325   title={Advanced Algorithms for Molecular Dynamics Simulation: The Program PMD},
326   booktitle={Parallel Computing in Computational Chemistry},
327   editor={T. Mattson},
328   publisher={ACS Books},
329   year={1995 - In Press}
330 }
331
332 @inproceedings{EICK92,
333   author={T. von Eicken and D. E. Culler and S. C. Goldstein and K. E. Schauser},
334   title={Active messages: a mechanism for integrated communication and computation},
335   year=1992,
336   booktitle={Proceedings of the International Symposium on Computer Architecture}
337 }
338
339 @techreport{HUMP94,
340   author={William Humphrey and Andrew Dalke},
341   title={{VMD} User Guide ({Version} 0.94)},
342   institution={University of Illinois},
343   type={Beckman Institute Technical Report},
344   number={TB-94-07},
345   tbreference={0},
346   tbtechrep={TB-94-07},
347   year=1994
348 }
349
350 @book{ALLE87,
351   author={M. P. Allen and D. J. Tildesley},
352   title={Computer Simulation of Liquids},
353   publisher={Oxford University Press},
354   address={New York},
355   year=1987
356 }
357
358 @book{MCCA87,
359    author={J. A. McCammon and S. C. Harvey},
360    title={Dynamics of Proteins and Nucleic Acids},
361    publisher={Cambridge University Press},
362    address={Cambridge},
363    year=1987
364 }
365
366 @manual{BRUN92b,
367   author={Axel T. Br\"unger},
368   title={X-PLOR, Version~3.1, A System for {X}-ray Crystallography and {NMR}},
369   organization={The Howard Hughes Medical Institute and Department of Molecular Biophysics and Biochemistry, Yale University},
370   year={1992}
371 }
372 @article{BROO83,
373   author={Bernard R. Brooks and Robert E. Bruccoleri and Barry D. Olafson and David J. States and S. Swaminathan and Martin Karplus},
374   title={{CHARMM:} A Program for  Macromolecular Energy, Minimization, and Dynamics Calculations},
375   journal=JCC,
376   year={1983},
377   volume={4},
378   number={2},
379   pages={187--217}
380 }
381  
382 @article{Shirts2007,
383   author = {Shirts, Michael R. and Mobley, David L. and Chodera, John D. and Pande, Vijay S.},
384   title = {Accurate and Efficient Corrections for Missing Dispersion Interactions in Molecular Simulations},
385   journal = JPCB,
386   volume = {111},
387   number = {45},
388   pages = {13052-13063},
389   year = {2007},
390   doi = {10.1021/jp0735987},
391   URL = {http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp0735987},
392   eprint = {http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/jp0735987}
393 }
394
395 % begin FEP entries from sdixit and chipot and harrison
396
397 @ARTICLE{Axelsen1998,
398   author = {Axelsen, P. H. and
399          Li, D.},
400   title = {Improved convergence in dual--topology free energy
401          calculations through use of harmonic restraints},
402   journal = {J. Comput. Chem. },
403   year = {1998},
404   volume = {19},
405   pages = {1278-1283}
406 }
407
408 @ARTICLE{Beveridge1989,
409   author = {Beveridge, D. L. and DiCapua, F. M. },
410   title = {Free energy via molecular simulation:
411          Applications to chemical and biomolecular systems},
412   journal = {Annu. Rev. Biophys. Biophys. },
413   year = {1989},
414   volume = {18},
415   pages = {431-492}
416 }
417
418 @ARTICLE{Boresch1999,
419   author = {Boresch, S. and Karplus, M. },
420   title = {The role of bonded terms in free energy simulations:
421          I. Theoretical analysis},
422   journal = {J. Phys. Chem. A},
423   year = {1999},
424   volume = {103},
425   pages = {103-118}
426 }
427
428 @ARTICLE{Chipot2002g,
429   author = {Chipot, C. and Pearlman, D. A.},
430   title = {Free energy calculations. The long and winding gilded road},
431   journal = {Mol. Sim.},
432   year = {2002},
433   volume = {28},
434   pages = {1-12}
435 }
436
437 @ARTICLE{Gao1989,
438   author = {Gao, J. and Kuczera, K. and Tidor, B. and Karplus, M. },
439   title = {Hidden thermodynamics of mutant proteins: A molecular
440          dynamics analysis},
441   journal = {Science},
442   year = {1989},
443   volume = {244},
444   pages = {1069-1072}
445 }
446
447 @ARTICLE{Gilson1997,
448   author = {Gilson, M. K. and
449          Given, J. A. and
450          Bush, B. L. and
451          McCammon, J. A.},
452   title = {The statistical--thermodynamic basis for computation of binding
453          affinities: A critical review},
454   journal = {Biophys. J.},
455   year = {1997},
456   volume = {72},
457   pages = {1047-1069}
458 }
459
460 @INCOLLECTION{VanGunsteren1989,
461   author = {van Gunsteren, W. F.},
462   title = {Methods for calculation of free energies and
463          binding constants: Successes and problems},
464   booktitle = {Computer simulation of biomolecular systems:
465          Theoretical and experimental applications},
466   publisher = {Escom},
467   year = {1989},
468   editor = {Van Gunsteren, W. F. and Weiner, P. K. },
469   pages = {27-59},
470   address = {The Netherlands}
471 }
472
473 @INCOLLECTION{King1993,
474   author = {King, P. M.},
475   title = {Free energy via molecular simulation: A primer},
476   booktitle = {Computer simulation of biomolecular systems:
477          Theoretical and experimental applications},
478   publisher = {ESCOM},
479   year = {1993},
480   editor = {Van Gunsteren, W. F. and Weiner, P. K. and Wilkinson, A. J.},
481   volume = {2},
482   pages = {267-314},
483   address = {Leiden}
484 }
485
486 @ARTICLE{Kirkwood1935,
487   author = {Kirkwood, J. G. },
488   title = {Statistical mechanics of fluid mixtures},
489   journal = {J. Chem. Phys. },
490   year = {1935},
491   volume = {3},
492   pages = {300-313}
493 }
494
495 @ARTICLE{Kollman1993,
496   author = {Kollman, P. A.},
497   title = {Free energy calculations: Applications to chemical and biochemical
498         phenomena},
499   journal = {Chem. Rev. },
500   year = {1993},
501   volume = {93},
502   pages = {2395-2417},
503 }
504
505 @ARTICLE{Lu2004,
506   author = {Lu, N. and Kofke, D. A. and Woolf, T. B.},
507   title = {Improving the efficiency and reliability of free energy
508          perturbation calculations using overlap sampling methods},
509   journal = {J. Comput. Chem.},
510   year = {2004},
511   volume = {25},
512   pages = {28-39}
513 }
514
515 @INCOLLECTION{Mark1998,
516   author = {Mark, A. E.},
517   title = {Free Energy Perturbation Calculations},
518   booktitle = {Encyclopedia of computational chemistry},
519   publisher = {Wiley and Sons},
520   year = {1998},
521   editor = {Schleyer, P. v. R. and Allinger, N. L. and Clark, T. and Gasteiger,
522         J. and Kollman, P. A. and Schaefer III, H. F. and Schreiner, P.
523         R.},
524   volume = {2},
525   pages = {1070-1083},
526   address = {Chichester}
527 }
528
529 @ARTICLE{Pearlman1994a,
530   author = {Pearlman, D. A.},
531   title = {A comparison of alternative approaches to free energy calculations},
532   journal = {J. Phys. Chem.},
533   year = {1994},
534   volume = {98},
535   pages = {1487-1493},
536 }
537
538 @ARTICLE{Straatsma1992,
539   author = {Straatsma, T. P. and McCammon, J. A. },
540   title = {Computational alchemy},
541   journal = {Annu. Rev. Phys. Chem.},
542   year = {1992},
543   volume = {43},
544   pages = {407-435}
545 }
546
547 @ARTICLE{Straatsma1991,
548   author={Straatsma, T. P. and McCammon, J. A. },
549   title={Multiconfiguration thermodynamic integration},
550   journal={J. Chem. Phys.},
551   year={1991},
552   volume={95},
553   pages={1175-1118}
554 }
555
556 @ARTICLE{Zwanzig1954,
557   author = {Zwanzig, R. W. },
558   title = {High--temperature equation of state by a perturbation method. I.
559         Nonpolar gases},
560   journal = {J. Chem. Phys.},
561   year = {1954},
562   volume = {22},
563   pages = {1420-1426}
564 }
565
566 @BOOK{Chipot2007,
567   title = {Free energy calculations.
568          Theory and applications in chemistry and biology},
569   publisher = {Springer Verlag},
570   year = {2007},
571   editor = {C. Chipot and A. Pohorille},
572 }
573
574 @INBOOK{Kirkwood1968,
575   title={Theory of liquids},
576   publisher={Gordon and Breach},
577   year={1968},
578   editor={Alder, B. J. },
579   author={Kirkwood, J. G. },
580   address={New York},
581   booktitle={Theory of liquids}
582 }
583
584 @ARTICLE{Beutler1994,
585   author = {Beutler, T. C. and Mark, A. E. and van Schaik, R. C. and Gerber, P. R. and van Gunsteren, W. F. },
586   title = {Avoiding singularities and numerical instabilities in free energy calculations based on molecular simulations},
587   journal = {Chem. Phys. Lett.},
588   year = {1994},
589   volume = {222},
590   pages = {529--539}
591 }
592
593 @ARTICLE{Bennett1976,
594   author = {Bennett, C. H.},
595   title = {Efficient estimation of free energy differences with monte carlo data},
596   journal = {J. Comp. Phys.},
597   year = {1976},
598   volume = {22},
599   pages = {245--268}
600 }
601
602 @ARTICLE{Zacharias1994,
603   author = {Zacharias M. and Straatsma, T. P. and McCammon J. A.},
604   title = {Separation-shifted scaling, a new scaling method for {L}ennard-{J}ones interactions in thermodynamic integration},
605   journal = {J. Chem. Phys.},
606   year = {1994},
607   volume = {100},
608   pages = {9025--9031}
609 }
610
611 @BOOK{Frenkel2002,
612     author={Daan Frenkel and Berend Smit},
613     title={Understanding Molecular Simulation From Algorithms to Applications},
614     publisher={Academic Press},
615     year=2002,
616     address={California}
617 }
618
619   
620
621
622 % end FEP entries from sdixit and chipot and harrison
623
624
625 @Article{ROIT91,
626   author =       "A. Roitberg and R. Elber",
627   title =        "Modeling side chains in peptides and proteins: Application of the locally enhanced sampling technique and the simulated annealing methods to find minimum energy conformations",
628   journal =      JCP,
629   year =         1991,
630   volume =       95,
631   pages =        {9277--9287}
632 }
633
634 @article{SIMM98,
635   author={C. Simmerling and T. Fox and P. A. Kollman},
636   title={Use of locally enhanced sampling in free energy calculations: {T}esting and application to the $\alpha\rightarrow\beta$ anomerization of glucose},
637   journal=JACS,
638   volume=120,
639   number=23,
640  year=1998,
641  pages={5771-5782}
642 }
643
644 @article{SIMM00,
645 author={C. Simmerling and M. R. Lee and A. R. Ortiz and A. Kolinski and J. Skolnick and P. A. Kollman},
646 title={Combining {MONSSTER} and {LES/PME} to predict protein structure from amino acid sequence: {A}pplication to the small protein {CMTI-1}},
647 journal=JACS,
648 volume=122,
649 number=35,
650  year=2000,
651  pages={8392-8402}
652 }
653
654 %% introduces artificial splittings for MTS
655 @article{SKEE94,
656   author = {R. D. Skeel and J. J. Biesiadecki},
657   title = "Symplectic integration with variable stepsize",
658   journal = ANM,
659   volume=1,
660   pages="191-198",
661   year = "1994",
662 }
663
664 @article{KOOP2006,
665   title={Advantages of a {Lowe-Andersen} thermostat in molecular dynamics simulations},
666   author={E. A. Koopman and C. P. Lowe},
667   journal=JCP,
668   volume={124},
669   pages={204103},
670   year={2006}
671 }
672
673 @ARTICLE{Deng2009,
674   author = {Deng, Yuqing and Roux, Beno\^it},
675   title = {Computations of Standard Binding Free Energies with Molecular Dynamics
676    Simulations},
677   journal = {J. Phys. Chem. B},
678   year = {2009},
679   volume = {113},
680   pages = {2234--2246},
681   number = {8}
682 }
683
684 @ARTICLE{Henin2010,
685     author = {H\'enin, J. and Fiorin, G. and Chipot, C. and Klein, M. L.},
686     title = {Exploring Multidimensional Free Energy Landscapes Using Time-Dependent
687      Biases on Collective Variables},
688     journal = {J. Chem. Theory Comput.},
689     year = {2010},
690     volume = {6},
691     pages = {35-47},
692     number = {1}
693 }
694
695 #SMOG references from JLai
696 @article{Whitford2009aaa,
697 author = {Whitford, Paul C. and Noel, Jeffrey K. and Gosavi, Shachi and Schug, Alexander and Sanbonmatsu, Kevin Y. and Onuchic, José N.},
698 title = {An all-atom structure-based potential for proteins: Bridging minimal models with all-atom empirical forcefields},
699 journal = {Proteins},
700 volume = {75},
701 number = {2},
702 pages = {430--441},
703 year = {2009},
704 }
705
706 @article{Noel2010ssd,
707 author = {Noel, Jeffrey K and Whitford, Paul C and Sanbonmatsu, Karissa Y and Onuchic, Jos\'{e} N},
708 issn = {1362-4962},
709 journal = {Nucleic Acids Research},
710 pages = {W657--61},
711 pmid = {20525782},
712 title = {{SMOG@ctbp: simplified deployment of structure-based models in GROMACS.}},
713 volume = {38},
714 year = {2010}
715 }
716 @article{Whitford2009nhf,
717 title = "Nonlocal Helix Formation Is Key to Understanding S-Adenosylmethionine-1 Riboswitch Function ",
718 journal = {Biophysical Journal},
719 volume = "96",
720 number = "2",
721 pages = "L7 - L9",
722 year = "2009",
723 issn = "0006-3495",
724 author = "Paul C. Whitford and Alexander Schug and John Saunders and Scott P. Hennelly and José N. Onuchic and Kevin Y. Sanbonmatsu"
725 }
726 #end SMOG references from JLai
727
728 #GBIS references from dtanner
729 @article{BOND64,
730   author = {A. Bondi},
731   title ={van der {Waals} volumes and radii },
732   journal=JPC,
733   volume={68},
734   pages={441--451},
735   year={1964}
736 }
737 @Article{ONUF04,
738  author = {Alexey Onufriev and Donald Bashford and David A. Case},
739  title = {Exploring Protein Native States and Large-Scale Conformational Changes With a Modified Generalized Born Model},
740  journal = PRO,
741  year = 2004,
742  volume = 55,
743  pages = {383-394},
744 }
745 @Article{ONUF00,
746  author = {Alexey Onufriev and Doland Bashford and David A. Case},
747  title = {Modification of the Generalised Born Model Suitable for Macromolecules},
748  journal = JPC,
749  year = 2000,
750  volume = 104,
751  pages = {3712-3720},
752 }
753 @Article{HAWK96,
754  author = {Gregory D. Hawkins and Christopher J. Cramer and Donald G. Truhlar},
755  title = {Parametrized Models of Aqueous Free Energies of Solvation Based on Pairwise Descreening of Solute Atomic Charges from a Dielectric Medium},
756  journal = JPC,
757  year = 1996,
758  volume = 100,
759  pages = {19824-19839},
760 }
761 @Article{SCHA90,
762  author = {Michael Schaefer and Cornelius Froemmel},
763  title = {A Precise Analytical Method for Calculating the Electrostatic Energy of Macromolecules in Aqueous Solution},
764  journal = JMB,
765  year = 1990,
766  volume = 216,
767  pages = {1045-1066},
768 }
769 @Article{SRIN99,
770  author = {Jayashree Srinivasan and Megan W. Trevathan and Paul Beroza and David A. Case},
771  title = {Application of a pairwise generalized Born model to proteins and nucleic acids: inclusion of salt eff􏰟ects},
772  journal = TCA,
773  year = 1999,
774  volume = 101,
775  pages = {426-434},
776 }
777 @Article{STIL90,
778  author = {W. Clark Still and Anna Tempczyk and Ronald C. Hawley and Thomas Hendrickson},
779  title = {Semianalytical Treatment of Solvation for Molecular Mechanics and Dynamics},
780  journal = JACS,
781  year = 1990,
782  volume = 112,
783  pages = {6127-6129},
784 }
785 @Article{WEIS99,
786  author = {Weiser, Jorg and Senkin, Peter and Still, W. Clark},
787  title = {Approximate atomic surfaces from linear combinations of pairwise overlaps ({LCPO})},
788  journal = JCC,
789  year = 1999,
790  volume = 20,
791  pages = {217--230},
792 }
793
794 #end GBIS references from dtanner
795
796 #begin MARTINI forcefield
797
798 @article{MARR2004,
799         author={Siewert J. Marrink and Alex H. de Vries and Alan E. Mark},
800         title={Coarse Grained Model for Semiquantitative Lipid Simulations},
801         journal=JPCB,
802         volume=108,
803         pages={750--760},
804         year=2004
805 }
806
807 @article{MARR2007,
808   author={S. J. Marrink and H. J. Risselada and S. Yefimov and D. P. Tieleman and A. H. de Vries},
809   title={The MARTINI forcefield: coarse grained model for biomolecular simulations},
810   journal=JPCB,
811   year=2007,
812   volume=111,
813   pages={7812--7824},
814   owner={char}
815 }
816
817 @article{MONT2008,
818    author = {L. Monticelli and S.K. Kandasamy and X. Periole and R.G. Larson D.P. Tieleman S.J. Marrink},
819    title = {The MARTINI coarse grained forcefield: extension to proteins},
820    journal = JCTC,
821    volume = {4},
822    pages = {819-834},
823    year = {2008}
824 }
825
826 #end MARTINI forcefield
827
828 #begin aMD references
829 @article{HAME2004mc,
830 author = {D. Hamelberg and J. Mongan and J.A. McCammon},
831 title = {Accelerated molecular dynamics: a promising and efficient simulation method for biomolecules},
832 journal = JCP,
833 volume = {120},
834 number = {24},
835 pages = {11919-11929},
836 year = {2004},
837 }
838
839 @article{HAME2007mc,
840 author = {D. Hamelberg and C.A. de Oliveira and J.A. McCammon},
841 title = {Sampling of slow diffusive conformational transitions with accelerated molecular dynamics},
842 journal = JCP,
843 volume = {127},
844 pages = {155102},
845 year = {2007},
846 }
847
848 @article{WANG2011mc,
849 author = {Y. Wang and C. Harrison and K. Schulten and J.A. McCammon},
850 title = {Implementation of Accelerated Molecular Dynamics in {NAMD}},
851 journal = {"Comp.\ Sci.\ Discov."},
852 volume = {4},
853 pages = {015002},
854 year = {2011},
855 }
856 #end of aMD references
857
858 @article{MIAO2015mc,
859     author = {Y. Miao and V. Feher and J.A. McCammon},
860     title = {Gaussian Accelerated Molecular Dynamics: Unconstrained Enhanced Sampling and Free Energy Calculation},
861     journal = JCTC,
862     volume = {11},
863     pages = {3584-3595},
864     year = {2015}
865 }
866
867 @article{PANG2017mc,
868     author = {Y.T. Pang and Y. Miao and Y. Wang and J.A. McCammon},
869     title = {Gaussian Accelerated Molecular Dynamics in {NAMD}},
870     journal = JCTC,
871     volume = {13},
872     pages = {9-19},
873     year = {2017}
874 }
875
876 #begin Drude polarizable force field references
877
878 @article{Thole81,
879         Author = {B. T. Thole},
880         Folder = {Polarisabilites distribuees},
881         Journal = CP,
882         Pages = {341--350},
883         Title = {Molecular polarizabilities calculated with a modified dipole interaction},
884         Volume = 59,
885         Year = 1981
886 }
887
888 @article{van1998molecular,
889         Author = {Van Duijnen, P.T. and Swart, M.},
890         Date-Added = {2010-08-16 12:14:32 -0500},
891         Date-Modified = {2010-08-16 12:14:32 -0500},
892         Journal = JPCA,
893         Number = {14},
894         Pages = {2399--2407},
895         Publisher = {ACS Publications},
896         Title = {Molecular and atomic polarizabilities: Thole's model revisited},
897         Volume = {102},
898         Year = {1998}
899 }
900
901 @article{Lamoureux-2003a,
902         Author = {Lamoureux, G. and Roux, B.},
903         Di = {10.1063/1.1589749},
904         Journal = JCP,
905         Number = {6},
906         Owner = {roux},
907         Pages = {3025--3039},
908         Sn = {0021-9606},
909         Tc = {50},
910         Timestamp = {2008.09.03},
911         Title = {Modeling induced polarization with classical {D}rude oscillators: {T}heory and molecular dynamics simulation algorithm},
912         Ut = {WOS:000184350300010},
913         Volume = {119},
914         Year = {2003}
915 }
916
917 @article{Harder2006,
918         Author = {Harder, E. and Anisimov, V. M. and Vorobyov, I. V. and Lopes, P. E. M. and Noskov, S. Y. and MacKerell, A. D. and Roux, B.},
919         Di = {10.1021/ct600180x},
920         Journal = JCTC,
921         Number = {6},
922         Owner = {roux},
923         Pages = {1587--1597},
924         Sn = {1549-9618},
925         Tc = {9},
926         Timestamp = {2008.09.03},
927         Title = {Atomic level anisotropy in the electrostatic modeling of lone pairs for a polarizable force field based on the classical Drude oscillator},
928         Ut = {WOS:000241992200013},
929         Volume = {2},
930         Year = {2006}
931 }
932
933 @article{Lamoureux-2006a,
934         Author = {Lamoureux, G. and Harder, E. and Vorobyov, I. V. and Roux, B. and MacKerell, A. D.},
935         Di = {10.1016/j.cplett.2005.10.135},
936         Journal = CPL,
937         Number = {1-3},
938         Owner = {roux},
939         Pages = {245--249},
940         Sn = {0009-2614},
941         Tc = {19},
942         Timestamp = {2008.09.03},
943         Title = {A polarizable model of water for molecular dynamics simulations of biomolecules},
944         Ut = {WOS:000234849500047},
945         Volume = {418},
946         Year = {2006}
947 }
948
949 @article{JIAN2011,
950   author={Wei Jiang and David Hardy and James Phillips and Alex MacKerell and Klaus Schulten and Benoit Roux},
951   title={High-performance scalable molecular dynamics simulations of a polarizable force field based on classical {Drude} oscillators in {NAMD}},
952   journal=JPCL,
953   volume={2},
954   pages={87-92},
955   year={2011},
956   tbreference={547},
957   tbstatus={Published.},
958   annote={}
959 }
960
961 #end Drude polarizable force field references
962
963 % MSM reference
964
965 @article{HARD2015,
966 author={David J. Hardy and Zhe Wu and James C. Phillips and John E. Stone and Robert D. Skeel and Klaus Schulten},
967 title={Multilevel Summation Method for Electrostatic Force Evaluation},
968 journal=JCTC,
969 volume={11},
970 pages={766-779},
971 year={2015},
972 note={},
973 tbreference={652},
974 tbstatus={Published.},
975 annote={}
976 }
977
978 %begin constant pH MD
979 @Article{Stern_JChemPhys_2007_v126_p164112,
980   author =       {Harry A. Stern},
981   title =        {{M}olecular simulation with variable protonation states at
982                   constant {pH}},
983   journal =      {J. Chem. Phys.},
984   year =         2007,
985   volume =       126,
986   pages =        164112
987 }
988
989 @Article{Chen_JChemTheoryComput_2015_v11_p3919,
990   author =       {Yunjie Chen and Beno\^{i}t Roux},
991   title =        {{C}onstant--{pH} Hybrid Nonequilibrium Molecular
992                   Dynamics--{M}onte {C}arlo Simulation Method},
993   journal =      {J. Chem. Theory Comput.},
994   year =         2015,
995   volume =       11,
996   pages =        {3919--3931}
997 }
998
999 @Article{Nilmeier_ProcNatlAcadSci_2011_v108_pE1009,
1000   author =       {Jerome P. Nilmeier and Gavin E. Crooks and David D. L. Minh
1001                   and John D. Chodera},
1002   title =        {{N}onequilibrium candidate {M}onte {C}arlo is an efficient
1003                   tool for equilibrium simulation},
1004   journal =      {Proc. Natl. Acad. Sci. USA},
1005   year =         2011,
1006   volume =       108,
1007   pages =        {E1009--E1018},
1008   PMCID =        {PMCID: PMC3215031}
1009 }
1010
1011 @Article{Chen_JChemPhys_2015_v142_p024101,
1012   author =       {Yunjie Chen and Beno\^{i}t Roux},
1013   title =        {{G}eneralized {M}etropolis Acceptance Criterion for Hybrid
1014                   Non-equilibrium Molecular Dynamics--{M}onte {C}arlo
1015                   Simulations},
1016   journal =      {J. Chem. Phys.},
1017   year =         2015,
1018   volume =       142,
1019   pages =        024101
1020 }
1021
1022 @Article{Radak_JChemPhys_2016_v145_p134109,
1023   author =       {Brian K. Radak and Beno\^{i}t Roux},
1024   title =        {{E}fficiency in Nonequilibrium Molecular Dynamics {M}onte
1025                   {C}arlo Simulations},
1026   journal =      {J. Chem. Phys.},
1027   year =         2016,
1028   volume =       145,
1029   pages =        134109
1030 }
1031
1032 @Article{Radak_JChemTheoryComput_2017_v13_p5933,
1033   author =       {Brian K. Radak and Christophe Chipot and Donghyuk Suh and
1034                   Sunhwan Jo and Wei Jiang and James C. Phillips and Klaus
1035                   Schulten and Beno{\^i}t Roux},
1036   title =        {{C}onstant-{pH} Molecular Dynamics Simulations for Large
1037                   Biomolecular Systems},
1038   journal =      {J. Chem. Theory Comput.},
1039   year =         2017,
1040   volume =       13,
1041   pages =        {5933--5944}
1042 }
1043
1044 %end constant pH MD
1045
1046 @Article{Bussi_JChemPhys_2007_v126_p014101,
1047   author =       {Giovanni Bussi and Davide Donadio and Michele
1048                   Parrinello},
1049   title =        {{C}anonical Sampling Through Velocity Rescaling},
1050   journal =      {J. Chem. Phys.},
1051   year =         2007,
1052   volume =       126,
1053   pages =        014101
1054 }
1055
1056
1057 % begin RAMD references
1058
1059 @article{ludemann2000substrates,
1060   title={How do substrates enter and products exit the buried active site of cytochrome {P}450cam? 1. Random expulsion molecular dynamics investigation of ligand access channels and mechanisms},
1061   author={L{\"u}demann, Susanna K and Lounnas, Val{\`e}re and Wade, Rebecca C},
1062   journal={Journal of Molecular Biology},
1063   volume={303},
1064   number={5},
1065   pages={797--811},
1066   year={2000},
1067   publisher={Elsevier}
1068 }
1069
1070 @article{winn2002comparison,
1071   title={Comparison of the dynamics of substrate access channels in three cytochrome {P}450s reveals different opening mechanisms and a novel functional role for a buried arginine},
1072   author={Winn, Peter J and L{\"u}demann, Susanna K and Gauges, Ralph and Lounnas, Val{\`e}re and Wade, Rebecca C},
1073   journal={Proceedings of the National Academy of Sciences},
1074   volume={99},
1075   number={8},
1076   pages={5361--5366},
1077   year={2002},
1078   publisher={National Acad Sciences}
1079 }
1080
1081 @article{schleinkofer2005mammalian,
1082   title={Do mammalian cytochrome {P}450s show multiple ligand access pathways and ligand channelling?},
1083   author={Schleinkofer, Karin and Winn, Peter J and L{\"u}demann, Susanne K and Wade, Rebecca C and others},
1084   journal={EMBO Reports},
1085   volume={6},
1086   number={6},
1087   pages={584--589},
1088   year={2005},
1089   publisher={EMBO Press}
1090 }
1091
1092 @article{carlsson2006unbinding,
1093   title={Unbinding of retinoic acid from the retinoic acid receptor by random expulsion molecular dynamics},
1094   author={Carlsson, Peter and Burendahl, Sofia and Nilsson, Lennart},
1095   journal={Biophysical Journal},
1096   volume={91},
1097   number={9},
1098   pages={3151--3161},
1099   year={2006},
1100   publisher={Elsevier}
1101 }
1102
1103 @article{vashisth2008ligand,
1104   title={Ligand escape pathways and (un) binding free energy calculations for the hexameric insulin-phenol complex},
1105   author={Vashisth, Harish and Abrams, Cameron F},
1106   journal={Biophysical Journal},
1107   volume={95},
1108   number={9},
1109   pages={4193--4204},
1110   year={2008},
1111   publisher={Elsevier}
1112 }
1113
1114 @article{kokh2018estimation,
1115 author = {Kokh, Daria B. and Amaral, Marta and Bomke, Joerg and Gr{\"a}dler, Ulrich and Musil, Djordje and Buchstaller, Hans-Peter and Dreyer, Matthias K. and Frech, Matthias and Lowinski, Maryse and Vallee, Francois and Bianciotto, Marc and Rak, Alexey and Wade, Rebecca C.},
1116 title = {Estimation of Drug-Target Residence Times by $\tau$-Random Acceleration Molecular Dynamics Simulations},
1117 journal = {Journal of Chemical Theory and Computation},
1118 volume = {14},
1119 number = {7},
1120 pages = {3859-3869},
1121 year = {2018},
1122 doi = {10.1021/acs.jctc.8b00230},
1123 note ={PMID: 29768913},
1124 URL = { https://doi.org/10.1021/acs.jctc.8b00230},
1125 eprint = { https://doi.org/10.1021/acs.jctc.8b00230}
1126 }
1127
1128 @article{biedermannova2012single,
1129 author={Biedermannov{\'a}, Lada and Prokop, Zbynek and Gora, Artur and Chovancov{\'a}, Eva and Kov{\'a}cs, Mih{\'a}ly and Damborsky, Jiri and Wade, Rebecca C},
1130 title = {A Single Mutation in a Tunnel to the Active Site Changes the Mechanism and Kinetics of Product Release in Haloalkane Dehalogenase LinB},
1131 volume = {287}, 
1132 number = {34}, 
1133 pages = {29062-29074}, 
1134 year = {2012}, 
1135 doi = {10.1074/jbc.M112.377853}, 
1136 URL = {http://www.jbc.org/content/287/34/29062.abstract}, 
1137 eprint = {http://www.jbc.org/content/287/34/29062.full.pdf+html}, 
1138 journal = {Journal of Biological Chemistry} 
1139 }
1140
1141 @article{cojocaru2012multiple,
1142 author = {Cojocaru, Vlad  and Winn, Peter  J. and Wade, Rebecca  C.},
1143 title =  {Multiple, Ligand-dependent Routes from the Active Site of Cytochrome {P}450 2{C}9},
1144 volume = {13},
1145 journal = {Current Drug Metabolism},
1146 number = {2},
1147 pages = {143-154},
1148 year = {2012},
1149 doi = {10.2174/138920012798918462},
1150 URL = {http://www.eurekaselect.com/node/75602/article}
1151 }
1152
1153 % end RAMD references
1154
1155 % begin REST2 references
1156
1157 @article{WANG2011E,
1158  author = {Lingle Wang and Richard A. Friesner and B. J. Berne},
1159  title = {Replica Exchange with Solute Scaling: A More Efficient Version of
1160          Replica Exchange with Solute Tempering {(REST2)}},
1161  journal = JPCB,
1162  year = 2011,
1163  volume = 115,
1164  number = 30,
1165  pages = {9431--9438},
1166 }
1167
1168 @article{JO2015,
1169  author = {Sunhwan Jo and Wei Jiang},
1170  title = {A generic implementation of replica exchange with solute
1171          tempering ({REST}2) algorithm in {NAMD} for
1172          complex biophysical simulations},
1173  journal = CPC,
1174  volume = 197,
1175  pages = {304--311},
1176  year = 2015,
1177  issn = {0010-4655},
1178  doi = "http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S001046551500329X",
1179  keywords = "REST2, NAMD, Tcl, Free energy calculation"
1180 }
1181
1182 % end REST2 references
1183