QM/MM documentation in user guide
[namd.git] / lib / qmmm / cleanFolder.sh
1 #!/bin/bash
2
3 # If more than one independent QM region exists in the system, but only one QM
4 # simulation per node is requested in the configuration file, all independent QM
5 # regions will be ran in the same folder (the idea behind limiting the number of QM
6 # regions being calculated per node is exactly saving RAM space). Some softwares,
7 # however, may leave behind temporary files which are QM region-specific, which 
8 # will lead to geometry errors when running multiple QM regions with one simulation
9 # per node.
10 #
11 # This script erases temporary files left behing by ORCA so that two *different* and 
12 # independent QM regions can be calculated in the same node (or single computer) 
13 # in *sequence*, and NOT in *parallel*. Without the script, temporary files left 
14 # behind after the first QM region was processed would be read by ORCA when 
15 # calculating the second QM region, but since they are different, ORCA would crash
16 # correctly claiming that the geometry in temporary files does not match the 
17 # geometry in the input file.
18
19 # This will NOT be more efficient, as independent QM regions could be calculated in
20 # parallel, speeding up the overall time per simulation step, but the script serves 
21 # as an example of what could be done with a Secondary Process.
22
23 targDir=`dirname "$1"`
24
25 echo "Input file: $1"
26 echo "Target Dir: $targDir"
27
28 rm $targDir/*.gbw
29 rm $targDir/*.prop