Fix additional C++ transition issues 26/5126/6
authorEvan Ramos <evan@hpccharm.com>
Fri, 26 Apr 2019 17:46:53 +0000 (12:46 -0500)
committerEvan Ramos <evan@hpccharm.com>
Sat, 27 Apr 2019 20:15:35 +0000 (15:15 -0500)
Change-Id: I7cb91e2cea05bddf174e6dc8d49476f9bdceda37

34 files changed:
src/arch/common/cc-mpi.sh
src/arch/common/cc-mpiopts.sh
src/arch/common/cc-pgcc.sh
src/arch/common/conv-mach-darwin.sh
src/arch/gni/conv-mach-smp.sh
src/arch/mpi-crayxc/conv-mach-smp.sh
src/arch/mpi-crayxe/conv-mach-smp.sh
src/arch/mpi-darwin-x86_64/conv-mach-smp.sh
src/arch/mpi-linux-mips64/conv-mach-smp.sh
src/arch/mpi-linux-ppc/conv-mach-smp.sh
src/arch/mpi-linux-x86_64/conv-mach-smp.sh
src/arch/mpi-linux/conv-mach-smp.sh
src/arch/multicore-arm7/conv-mach.sh
src/arch/multicore-arm8/conv-mach.sh
src/arch/multicore-linux-ppc/conv-mach.sh
src/arch/multicore-linux32/conv-mach.sh
src/arch/multicore-linux64/conv-mach.sh
src/arch/netlrts-linux-arm7/conv-mach-smp.sh
src/arch/netlrts-linux-arm8/conv-mach-smp.sh
src/arch/netlrts-linux-ppc/conv-mach-smp.sh
src/arch/netlrts-linux-x86_64/conv-mach-smp.sh
src/arch/netlrts-linux/conv-mach-smp.sh
src/arch/ofi-linux-x86_64/conv-mach-smp.sh
src/arch/shmem-crayxe/conv-mach.sh
src/arch/util/compress-external.C
src/arch/util/persist-comm.C
src/arch/verbs-linux-ppc64le/conv-mach-smp.sh
src/arch/verbs-linux-x86_64/conv-mach-smp.sh
src/ck-core/ckmemcheckpoint.C
src/ck-core/ckreduction.C
src/conv-core/cpuaffinity.C
src/libs/ck-libs/io/Makefile
src/libs/ck-libs/io/fs_parameters.c [moved from src/libs/ck-libs/io/fs_parameters.C with 100% similarity]
src/util/topomanager/CrayNid.c

index 61c9e24b5cf7df2dfd00f19d448cadec95741ae5..68ee796d5e5384be87867a3960fc9ead0bf524e8 100644 (file)
@@ -5,6 +5,9 @@ CMK_CXX='mpicxx '
 
 CMK_CPP_C_FLAGS="-E"
 
+# avoid the need to link -lmpi_cxx on some systems
+CMK_DEFS="$CMK_DEFS -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX"
+
 CMK_RANLIB='ranlib'
 CMK_LIBS='-lckqt'
 CMK_LD_LIBRARY_PATH="-Wl,-rpath,$CHARMLIBSO/"
index df4cbc7f8e931f80db00f8ed63436a2745995885..0266b3edecb888d6596f044db08ba0aaa8c5b827 100644 (file)
@@ -25,6 +25,9 @@ CMK_CPP_C="$MPICC"
 
 CMK_CPP_C_FLAGS="-E"
 
+# avoid the need to link -lmpi_cxx on some systems
+CMK_DEFS="$CMK_DEFS -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX"
+
 CMK_LIBS="-lckqt $CMK_SYSLIBS "
 CMK_QT='generic64-light'
 CMK_RANLIB='ranlib'
\ No newline at end of file
index 0dd5eda812555d105f5a4164f654f73d27168a81..0fb85cbc16a270f1961374bc2ef2d08c88dfcfd4 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
 
 # machine specific recommendation
 case `hostname` in
-*.ranger.tacc.utexas.edu) CMK_DEFS="-tp barcelona-64 " ;;
+*.ranger.tacc.utexas.edu) CMK_DEFS="$CMK_DEFS -tp barcelona-64" ;;
 esac
 
 CMK_CPP_C="pgcc -E "
index ab3a7295ddc28c2ba715a9116759d82347dc97ef..8c5f8ac6b47bac4e370567603b2a396f853d220f 100644 (file)
@@ -15,7 +15,7 @@ CMK_SHARED_SUF="dylib"
 CMK_LD_SHARED=" -dynamic -dynamiclib -undefined dynamic_lookup "
 CMK_LD_SHARED_ABSOLUTE_PATH=true
 
-CMK_DEFS='-mmacosx-version-min=10.7 -D_DARWIN_C_SOURCE'
+CMK_DEFS="$CMK_DEFS -mmacosx-version-min=10.7 -D_DARWIN_C_SOURCE"
 
 if command -v gfortran >/dev/null 2>&1
 then
index 1e3c2b0a4a9397db884207464a68d60acf5d4932..0587502bf79a44107074e3d0288f188722c4f7a4 100644 (file)
@@ -1,3 +1,3 @@
 CMK_SMP="1"
-CMK_DEFS=' -D_REENTRANT '
+CMK_DEFS="$CMK_DEFS -D_REENTRANT"
 CMK_LIBS="$CMK_LIBS -lpthread -lrt"
index 12b0cabf66b9364a03271d00e388a0cfbd68738b..2262eaacfa64a1ea34eb7c9ee529ce65424af844 100644 (file)
@@ -1,3 +1,3 @@
-CMK_DEFS=' -D_REENTRANT '
+CMK_DEFS="$CMK_DEFS -D_REENTRANT"
 CMK_LIBS="-lpthread $CMK_LIBS "
 CMK_SMP="1"
index 12b0cabf66b9364a03271d00e388a0cfbd68738b..2262eaacfa64a1ea34eb7c9ee529ce65424af844 100644 (file)
@@ -1,3 +1,3 @@
-CMK_DEFS=' -D_REENTRANT '
+CMK_DEFS="$CMK_DEFS -D_REENTRANT"
 CMK_LIBS="-lpthread $CMK_LIBS "
 CMK_SMP="1"
index faf91234422429035c9f19452433d986d653dc7c..ee19393200cc97e9a44704c02d9c7a09247b971a 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
-CMK_DEFS=' -D_REENTRANT '
+CMK_DEFS="$CMK_DEFS -D_REENTRANT"
 CMK_LIBS="-lpthread $CMK_LIBS "
 CMK_QT='generic64-light'
 CMK_SMP="1"
index c5b2de476e9668c94a81e5debb0fcfb8bb2ba0f8..7c2eadc6b72997b55a115b9c2d4548918b54a05f 100644 (file)
@@ -1,3 +1,3 @@
-CMK_DEFS=' -D_REENTRANT '
+CMK_DEFS="$CMK_DEFS -D_REENTRANT"
 CMK_LIBS=" -lpthread $CMK_LIBS "
 CMK_SMP='1'
index c5b2de476e9668c94a81e5debb0fcfb8bb2ba0f8..7c2eadc6b72997b55a115b9c2d4548918b54a05f 100644 (file)
@@ -1,3 +1,3 @@
-CMK_DEFS=' -D_REENTRANT '
+CMK_DEFS="$CMK_DEFS -D_REENTRANT"
 CMK_LIBS=" -lpthread $CMK_LIBS "
 CMK_SMP='1'
index c5b2de476e9668c94a81e5debb0fcfb8bb2ba0f8..7c2eadc6b72997b55a115b9c2d4548918b54a05f 100644 (file)
@@ -1,3 +1,3 @@
-CMK_DEFS=' -D_REENTRANT '
+CMK_DEFS="$CMK_DEFS -D_REENTRANT"
 CMK_LIBS=" -lpthread $CMK_LIBS "
 CMK_SMP='1'
index c5b2de476e9668c94a81e5debb0fcfb8bb2ba0f8..7c2eadc6b72997b55a115b9c2d4548918b54a05f 100644 (file)
@@ -1,3 +1,3 @@
-CMK_DEFS=' -D_REENTRANT '
+CMK_DEFS="$CMK_DEFS -D_REENTRANT"
 CMK_LIBS=" -lpthread $CMK_LIBS "
 CMK_SMP='1'
index 747728e31c80e2bd9686d65fc4f9d46dc21cfce9..8ee7f8d5344d2d06e8351d6c096d002517b93e31 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
 . $CHARMINC/cc-gcc.sh
 
 #CMK_DEFS="$CMK_DEFS -DHAVE_USR_INCLUDE_MALLOC_H=1 "
-CMK_DEFS=' -D_REENTRANT '
+CMK_DEFS="$CMK_DEFS -D_REENTRANT"
 
 CMK_XIOPTS=""
 CMK_LIBS="-lpthread $CMK_LIBS"
index 747728e31c80e2bd9686d65fc4f9d46dc21cfce9..8ee7f8d5344d2d06e8351d6c096d002517b93e31 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
 . $CHARMINC/cc-gcc.sh
 
 #CMK_DEFS="$CMK_DEFS -DHAVE_USR_INCLUDE_MALLOC_H=1 "
-CMK_DEFS=' -D_REENTRANT '
+CMK_DEFS="$CMK_DEFS -D_REENTRANT"
 
 CMK_XIOPTS=""
 CMK_LIBS="-lpthread $CMK_LIBS"
index 66ea7714a16f2edd455cfc55fd60fe3feec70c7b..0d99cb4b476d40d5e2f5530dd75d9bbed0558b38 100644 (file)
@@ -1,6 +1,6 @@
 . $CHARMINC/cc-gcc.sh
 
-CMK_DEFS=' -D_REENTRANT '
+CMK_DEFS="$CMK_DEFS -D_REENTRANT"
 CMK_LIBS="$CMK_LIBS -lpthread"
 CMK_XIOPTS=''
 CMK_QT='generic64-light'
index ca03dca6b3668716e10782f21977974ab8d789b4..28de96e009377325511d2a3f09828089c1430944 100644 (file)
@@ -1,6 +1,6 @@
 . $CHARMINC/cc-gcc.sh
 
-CMK_DEFS=' -D_REENTRANT -m32 '
+CMK_DEFS="$CMK_DEFS -D_REENTRANT -m32"
 
 CMK_XIOPTS=''
 CMK_LIBS="-lpthread $CMK_LIBS"
index 8b0421505e9549a9cd62627b6409867e5f3a2cea..15462bbfea05b2884c5c20378bdafbf5668482df 100644 (file)
@@ -1,6 +1,6 @@
 . $CHARMINC/cc-gcc.sh
 
-CMK_DEFS=' -D_REENTRANT '
+CMK_DEFS="$CMK_DEFS -D_REENTRANT"
 
 CMK_XIOPTS=''
 CMK_LIBS="-lpthread $CMK_LIBS"
index 0ada4bc4d549cbaf9f43b8124b8f1c24a194a8e3..ce625d65e941315c2c46a9c697097726f3163650 100644 (file)
@@ -1,3 +1,3 @@
-CMK_DEFS=' -D_REENTRANT '
+CMK_DEFS="$CMK_DEFS -D_REENTRANT"
 CMK_LIBS="-lpthread $CMK_LIBS "
 CMK_SMP='1'
index 0ada4bc4d549cbaf9f43b8124b8f1c24a194a8e3..ce625d65e941315c2c46a9c697097726f3163650 100644 (file)
@@ -1,3 +1,3 @@
-CMK_DEFS=' -D_REENTRANT '
+CMK_DEFS="$CMK_DEFS -D_REENTRANT"
 CMK_LIBS="-lpthread $CMK_LIBS "
 CMK_SMP='1'
index 0ada4bc4d549cbaf9f43b8124b8f1c24a194a8e3..ce625d65e941315c2c46a9c697097726f3163650 100644 (file)
@@ -1,3 +1,3 @@
-CMK_DEFS=' -D_REENTRANT '
+CMK_DEFS="$CMK_DEFS -D_REENTRANT"
 CMK_LIBS="-lpthread $CMK_LIBS "
 CMK_SMP='1'
index 0ada4bc4d549cbaf9f43b8124b8f1c24a194a8e3..ce625d65e941315c2c46a9c697097726f3163650 100644 (file)
@@ -1,3 +1,3 @@
-CMK_DEFS=' -D_REENTRANT '
+CMK_DEFS="$CMK_DEFS -D_REENTRANT"
 CMK_LIBS="-lpthread $CMK_LIBS "
 CMK_SMP='1'
index 6f9e73582c8dde61ae577790e22dcd6b32ec55dc..97dd643270118ebae615b0119551899517298b3b 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
-CMK_DEFS=' -D_REENTRANT '
+CMK_DEFS="$CMK_DEFS -D_REENTRANT"
 CMK_LIBS="-lpthread $CMK_LIBS "
 CMK_QT='linux-smp-32'
 CMK_SMP='1'
index c5b2de476e9668c94a81e5debb0fcfb8bb2ba0f8..7c2eadc6b72997b55a115b9c2d4548918b54a05f 100644 (file)
@@ -1,3 +1,3 @@
-CMK_DEFS=' -D_REENTRANT '
+CMK_DEFS="$CMK_DEFS -D_REENTRANT"
 CMK_LIBS=" -lpthread $CMK_LIBS "
 CMK_SMP='1'
index 231fb7d01ea1ef32710f8a78e44456195126e008..fea1f49e1713d2778f108e4a2c6e73a16de81982 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
-#CMK_DEFS="-I/opt/xt-mpt/1.5.47/mpich2-64/T/include "
+#CMK_DEFS="$CMK_DEFS -I/opt/xt-mpt/1.5.47/mpich2-64/T/include"
 #CMK_LD_DEFS="-lrca "
 
 PGCC=`CC -V 2>/dev/null | grep pgCC`
index fda949261c2887fbf605701bdbf76e1a257f79e8..c90049942577702116aac047a509a8e010dd51d3 100644 (file)
@@ -1,7 +1,6 @@
 #include "zlib-compress.C"
 //#include "quicklz-compress.C"
 #include "lz4.h"
-static int compress_mode;
 #define     CMODE_NOCOMPRESS 0
 #define     CMODE_ZLIB  1
 //#define     CMODE_QUICKLZ 2
@@ -48,11 +47,11 @@ void compressZlib(void *src, void *dst, int size, int *compressSize, void *bData
         initCompress();
         initDone = 1;
     }
-    char *xor=malloc(size);
+    auto my_xor = (char *)malloc(size);
     int i;
     for(i=0; i<size; i++)
-        xor[i] = (src_ptr[i])^(bdata_ptr[i]);       
-    zlib_compress(xor, dst, size, compressSize);
+        my_xor[i] = (src_ptr[i])^(bdata_ptr[i]);
+    zlib_compress(my_xor, dst, size, compressSize);
 #if DEBUG
     double t = get_clock()-t1;
     printf("+%d external compression done compressing(%d===>%d) (reduction:%d) ration=%f time=%d us\n", compress_mode, (int)(size*sizeof(char)), *compressSize, (int)(size*sizeof(char)-*compressSize), (1-(float)*compressSize/(size*sizeof(char)))*100, (int)(t*1000000));
@@ -64,14 +63,14 @@ void decompressZlib(void *cData, void *dData, int size, int compressSize, void *
 #if DEBUG
     double t1 = get_clock();
 #endif
-    char *xor=(char*)malloc(size);
-    zlib_decompress(cData, xor, compressSize, size);
+    char *my_xor=(char*)malloc(size);
+    zlib_decompress(cData, my_xor, compressSize, size);
     int i;
     char *dptr = (char*)dData;
     char *bptr = (char*)bData; 
     for(i=0; i<size; i++)
-        dptr[i] = (bptr[i])^(xor[i]); 
-    free(xor);
+        dptr[i] = (bptr[i])^(my_xor[i]);
+    free(my_xor);
 #if DEBUG
     double t = get_clock()-t1;
     printf("------done decompressing.....  orig size:%d time:%d us \n", (int)size, (int)(t*1000000)) ;
@@ -90,12 +89,12 @@ void compressLz4(void *src, void *dst, int size, int *compressSize, void *bData)
         initCompress();
         initDone = 1;
     }
-    char *xor=malloc(size);
+    auto my_xor = (char *)malloc(size);
     int i;
     for(i=0; i<size; i++)
-        xor[i] = (src_ptr[i])^(bdata_ptr[i]);       
+        my_xor[i] = (src_ptr[i])^(bdata_ptr[i]);
 
-    *compressSize = LZ4_compress_default(xor, dst, size, LZ4_compressBound(size));
+    *compressSize = LZ4_compress_default(my_xor, (char *)dst, size, LZ4_compressBound(size));
 
 #if DEBUG
     double t = get_clock()-t1;
@@ -108,17 +107,17 @@ void decompressLz4(void *cData, void *dData, int size, int compressSize, void *b
 #if DEBUG
     double t1 = get_clock();
 #endif
-    char *xor=(char*)malloc(size);
+    char *my_xor=(char*)malloc(size);
 
-    if (LZ4_decompress_safe(cData, xor, compressSize, size) < 0)
+    if (LZ4_decompress_safe((char *)cData, my_xor, compressSize, size) < 0)
         CmiAbort("decode fails\n");
 
     int i;
     char *dptr = (char*)dData;
     char *bptr = (char*)bData; 
     for(i=0; i<size; i++)
-        dptr[i] = (bptr[i])^(xor[i]); 
-    free(xor);
+        dptr[i] = (bptr[i])^(my_xor[i]);
+    free(my_xor);
 #if DEBUG
     double t = get_clock()-t1;
     printf("------done decompressing.....  orig size:%d time:%d us \n", (int)size, (int)(t*1000000)) ;
index 2062e68d6765419f1cd97a8be874616cadebf879..71b1f8365739247ee0bf0b24eb42823544a13eca 100644 (file)
@@ -17,6 +17,7 @@
 #include "compress-external.C"
 //#endif
 #include "machine-persistent.h"
+#include "machine-lrts.h"
 #define ENVELOP_SIZE 104
 //#define VERIFY 1 
 CpvDeclare(PersistentSendsTable *, persistentSendsTableHead);
@@ -554,7 +555,7 @@ static void persistentRequestHandler(void *env)
   PersistentReceivesTable *slot = (PersistentReceivesTable *)h;
 
   /* build reply message */
-  PersistentReqGrantedMsg *gmsg = CmiAlloc(sizeof(PersistentReqGrantedMsg));
+  auto gmsg = (PersistentReqGrantedMsg *)CmiAlloc(sizeof(PersistentReqGrantedMsg));
 
 #if DELTA_COMPRESS
   slot->compressStart = msg->compressStart;
@@ -787,6 +788,7 @@ void CmiPersistentInit(void)
   CpvInitialize(int, curphs);
   CpvAccess(curphs) = 0;
 
+  extern void persist_machine_init();
   persist_machine_init();
 
   CpvInitialize(PersistentSendsTable *, persistentSendsTableHead);
index 0ada4bc4d549cbaf9f43b8124b8f1c24a194a8e3..ce625d65e941315c2c46a9c697097726f3163650 100644 (file)
@@ -1,3 +1,3 @@
-CMK_DEFS=' -D_REENTRANT '
+CMK_DEFS="$CMK_DEFS -D_REENTRANT"
 CMK_LIBS="-lpthread $CMK_LIBS "
 CMK_SMP='1'
index 0ada4bc4d549cbaf9f43b8124b8f1c24a194a8e3..ce625d65e941315c2c46a9c697097726f3163650 100644 (file)
@@ -1,3 +1,3 @@
-CMK_DEFS=' -D_REENTRANT '
+CMK_DEFS="$CMK_DEFS -D_REENTRANT"
 CMK_LIBS="-lpthread $CMK_LIBS "
 CMK_SMP='1'
index 88c0bc6ed3a1c590f28faa2f05257199cf073aab..1d8383afd7145946fb02a7cdebd9d60074efa6b6 100644 (file)
@@ -1631,7 +1631,7 @@ static void notify_crash(int node)
 #endif
 }
 
-void (*notify_crash_fn)(int node);
+extern void (*notify_crash_fn)(int node);
 
 #if CMK_CONVERSE_MPI
 //static int pingHandlerIdx;
index 09693bd9803c94de31cc44406d40a9199a08e898..a4de213867ba5f245dd233cff31e126bc153c63d 100644 (file)
@@ -1987,6 +1987,13 @@ Group* getExtContributor<Group>(CkExtContributeInfo* contribute_params)
 
 // Functions to perform reduction over contributors from external clients (e.g. Charm4py)
 
+extern "C" {
+void CkExtContributeTo(CkExtContributeInfo* contribute_params, CkCallback& cb);
+void CkExtContributeToChare(CkExtContributeInfo* contribute_params, int onPE, void* objPtr);
+void CkExtContributeToArray(CkExtContributeInfo* contribute_params, int aid, int* idx, int ndims);
+void CkExtContributeToGroup(CkExtContributeInfo* contribute_params, int gid, int pe);
+}
+
 // Generic function to extract CkExtContributeInfo and perform reduction
 template <class T>
 void CkExtContribute(CkExtContributeInfo* contribute_params, CkCallback& cb)
index 42ec91626b8416dbb86edfed7804b3b9c5d92f39..ee74a552371364f0abcf644c491949a5245a219c 100644 (file)
@@ -16,6 +16,7 @@ cpu affinity.
 
 #include "converse.h"
 #include "sockRoutines.h"
+#include "charm-api.h"
 #include "hwloc.h"
 
 #if CMK_USE_IBVERBS
index 34ba768f9a58fa7ef898921ae94ee89657ded801..a20822f6ef0dcf550d97cfbbfdb261d1ff866b01 100644 (file)
@@ -23,7 +23,7 @@ headers: $(HEADERS)
 ckio.o: ckio.C headers
        $(CHARMC) -c $<
 
-fs_parameters.o: fs_parameters.C
+fs_parameters.o: fs_parameters.c
        $(CHARMC) -c $<
 
 $(GENHEADERS): ckio.ci.stamp
index c4d3f97f245af686cf805112f9cf196d86016b6b..2a0a861503b8b4f8c0e8a6e68b2a758f41034440 100644 (file)
 #include "tpm_standalone.h"
 #endif
 
+#ifndef CLINKAGE
+# ifdef __cplusplus
+#  define CLINKAGE extern "C"
+# else
+#  define CLINKAGE
+# endif
+#endif
+
 #if CMK_CRAYXE || CMK_CRAYXC
 
 #if XT3_TOPOLOGY